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關于經濟結構的第二個層面，是產業結構，或者說各個產業之間的結構。通過資料分析可以發現，2005年以來中國產業結構的失衡狀態也比較嚴重。
比如說制造業里面，傳統制造業比重偏大，現代制造業偏低；在資源類產業里面，真正技術含量較高的產品比例偏低，而普通的產品比例偏大。再比如說高技術產業發展嚴重滯后，服務業占整個產業結構的比重偏低，農業等基礎產業的抗風險能力很低。這種產業結構的失衡狀態，主要表現就是生產能力過剩和短缺并存且日益嚴重。
中國的產業結構為什么會出現這種失衡狀態？魏杰認為有三個原因：
第一個原因就是壟斷。他說，產業結構要合理，資本應該能夠在各個產業之間順暢地流動。但是中國現在產業之間的壁壘很高，資本很難在產業之間流動。而且研究發現，在中國，壟斷還不是一般意義上的行政性的壟斷，更主要的是意識形態所引起的壟斷。因為意識形態的原因，導致各種資本在產業之間的流動受阻。
中國政府想解決這個問題，最近推出了新的36條，像能源、電信電力這些壟斷行業現在允許社會資本大規模介入，希望通過這個手段讓產業調整見效。但是這解決不了問題。魏杰說，2005年中央就針對民營經濟推出過一個36條，現在叫老36條，當時覺得對中國的產業調整會有積極意義，結果5年過去了，老36條不僅沒有起到作用，而且壁壘更加嚴重�！靶碌�36條，我估計照樣很難解決問題�！�
原因在哪里？魏杰說，要想真正解決產業之間的壁壘，讓各種資本在產業之間流動順暢，就要讓所有資本必須在法律上和競爭上平等。但是在中國，實際上民營資本根本獲得不了這種平等。因為《憲法》里面明確提出來，中國實行的經濟制度以公有經濟為主，多種經濟成分并存。也就是說各種資本之間是有主有次的。
另外，新36條雖然放開股權投資，但是國有經濟仍然處于絕對控股地位，民營資本進來以后對企業沒法改革，沒法管理。有民營企業家把這種做法比喻成農村招上門女婿，上門女婿要承擔兒子的責任，但卻沒有兒子的地位。
產業結構失衡的第二個原因，是在結構調整中缺乏核心技術�！白罱覀兣芰�100多家民營企業，他們有錢，也愿意投資，就是沒有核心技術�！蔽航苷f，“中國改革里邊最大的失誤是技術創新體系沒有能夠建立起來�！�
據他介紹，在當前中國的體制里邊，已經找不到誰是核心技術創新的主體了。國有企業現在大部分是壟斷企業，它們依靠壟斷就能賺錢所以沒心思搞技術。2006年中國有一萬多家企業申請了技術專利，里邊沒有一家是國有企業。
民營企業很難擔當技術創新的重任。在中國，民營企業的成長只有30年左右的時間，它在體制、資金積累上都很難支撐需要長期研發的核心技術創新。
高等院校有龐大的科研力量，但是為了發文章、寫論文疲于奔命。核心技術創新是需要較長時間才能完成的任務，但是高校教師如果不在核心刊物上發文章、寫論文就拿不到職稱，甚至可能被開除，也就無心研究，結果造成大量的科研資源閑置浪費。
過去國家辦的研究所，現在也是經費短缺，得自己找米下鍋。只能做一點一般性的技術研究。
自己研究不出核心技術，國外又對技術轉讓設置了重重障礙，于是產業結構調整受阻。企業的資金進入不了新興產業，結果要么沖向房地產市場，要么沖向股市，進一步導致結構失衡。
第三個原因，是結構調整中的利益機制失衡。在市場機制下，當一個企業覺得生產的成本遠大于收益，就不可能再投資。多數企業都不再投資，產業結構就出現轉變。但是在中國，有些國有企業的問題是，明明知道會虧損也繼續投資。這些企業不受利益的約束，于是導致利益機制失調，進而產業結構失調。
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關于結構調整的兩個爭論