2006年，代課教師是輿論關注的熱點問題。
    處理代課教師主要存在以下問題：代課教師數量大，非一日之功即可解決；清退代課教師，地方財政壓力大，艱苦的山區將面臨缺乏教師的境況；教學水平受當地認可的代課教師，往往因一張考卷而被清退。2006年11月，甘肅省寧縣良平鄉惠家小學代課教師惠志敏代課21年卻被辭退，不得不進城搬石頭，此事引起了全國媒體的關注。惠志敏感慨說：“我很愛教育，但是教育卻不愛我。”鑒于此，解決農村代課教師問題，要根據實際情況依法清退。
    清退代課教師要嚴格遵循《教師法》和《勞動法》。
    《勞動法》規定：勞動者在同一用人單位連續工作滿10年以上，當事人雙方同意續延勞動合同的，如果勞動者提出訂立無固定限期的勞動合同，應當訂立無固定限期的勞動合同。“也就是說，代課10年以上的，如果本人愿意，就應當與其簽訂無固定期限勞動合同，直至其退休為止。而《教師法》規定教師應當取得教師資格證。有的10年以上代課教師未取得教師資格證，其責任不在代課教師而在教育部門。如果說代課教師無資格從教，教育部門應該及早清退；既然長期讓其站講臺，就應該給其核發資格證書。
    要因地制宜，漸進地消亡，而不要一刀切。對那些清退代課教師條件成熟的地區，可以按照政策采取公平穩妥的清退措施。而對那些清退教師后學校正常教育教學受到很大影響的農村地區，特別是偏遠的西部山區，不要急于采用一刀切的做法。盡管教育部有關人士說清退代課教師沒有時間表，但各地普遍的做法幾乎都是一考了之，清退了之。代課教師是“過渡性”的概念，退出歷史舞臺只是時間問題，但是，武斷地下令其消亡，也不符合國情。漸進的“消亡”比起一刀切的“猝死”，更符合實際、更為有效。
    要有公正的遴選與補償。
    對一位教師來說，客觀的考核其優劣是很難的。惠志敏在招考考試中，分數距錄取分數線只差四分。所以，必要情況下，對教育教學能力較強，工齡較長的代課教師，在考核錄用時可給予一定的優惠政策。因此，成立相關的考核評價委員會等類似機構，采取多種辦法全面考核錄用代課教師就顯得尤為重要。遺憾的是，現在很多地方的清退標準只有一個：通過考試錄用。對那些已到退休年齡或工齡較長但不適于繼續擔任教師的代課教師，理當給予更加妥當而公平的經濟補償，由國家財政一次性撥付給他們足額的養老金，或者給予退休教師的待遇，以便他們能衣食無慮，安享晚年。否則，不足以彰顯社會的公正和教育的公平。
    對教育人口浮動較大的地區（包括經濟發達地區），鼓勵實行“教師雇員制度”。其實，代課教師不僅在貧困地區有，在發達地區也有，只是沒有引起注意。比如在深圳這樣經濟發達的地區，代課教師也不少。深圳全市共有教師6萬余名，其中代課教師大約8000名。但是，深圳的代課教師不屬于國家規定的清退范圍，都是持教師資格證上崗的、具有較高職業水平的優秀教師。據了解，深圳正在醞釀全面實施“教師雇員制度”，這個制度成功實施后，不在編的代課教師一旦通過招聘考試，將成為深圳市教育局正式聘用的雇員制教師，他們的待遇將遠遠超過“代課教師”。
    可以預期的是，教師雇員制度將是非常有創新意義的教師人事制度改革模式，值得教育人口浮動較大的地區借鑒。