在我國的醫保改革進程中，諸多制度的改革都經歷了“自下而上”的制度創新和“自上而下”的制度推廣兩個過程。本世紀初，在我國醫保制度改革的試點地區，一些城市已經開始試行醫保定點機構服務醫生的管理。到2012年4月，國務院印發《深化醫藥衛生體制改革2012年主要工作安排》，正式提出要“逐步將醫保對醫療機構服務的監管延伸到對醫務人員醫療服務行為的監管”。據此，全國范圍內首次開始大規模實施醫保醫生管理制度，共有22個省57個統籌地區出臺了本地醫保醫生管理辦法，如成立醫保醫生管理小組、執業醫生過渡為醫保醫生等。但要使這一制度取得實效，真正達到對醫保醫生行為的有效監管，實現費用和質量的雙重控制等，還有大量工作要做。
目前我國的醫保醫生管理制度可分為三類，分別是醫保醫生定崗管理制度、執業醫師醫保處方權制度以及醫保醫生協議管理制度。醫保醫生定崗管理制度側重醫保醫生的積分制管理，即經辦機構對醫療機構的醫務人員實行實名制信用記分；執業醫師醫保處方權制度側重醫師資質的認定，醫生只有按文件規定取得醫保處方權后，其醫療服務產生的費用方能進入醫保基金支付范圍；醫保醫生協議管理制度側重醫保醫生的協議化管理，每一名醫師必須簽訂《定點醫療機構醫保醫生服務協議》，醫生必須持證上崗，打破了醫保醫師“終身制”。
三項制度的側重點各有不同，但核心都是為醫保醫生建立專門的信用檔案，通過實行資格準入和日常工作考核，對每一位醫保醫生的服務質量以及是否存在浪費和詐騙醫保基金的行為進行監督，達到保證醫保基金的安全、保障參保人利益的最終目的。
在國務院《深化醫藥衛生體制改革2012年主要工作安排》出臺后的一年中，醫保醫生管理制度在全國得到了一定的推廣，但是各地的制度仍停留在醫保醫生的認定上，多數地區的醫保醫生管理制度缺乏實際的運營，從而無法實現“對于醫務人員服務行為的監管”。目前醫保醫生管理制度得不到有效落實，主要因為該項制度存在以下缺陷：
管理部門職責分工不明確。醫保醫生的管理，例如醫保醫生服務價格的監控，醫保醫生執業資格的評判等，都與物價局、衛生局、監察局等部門的職能范圍有所交叉。如果各部門職責分工明確，則可以實現協同工作，提高管理效果，反之則會導致各部門互相推卸責任，管理制度得不到落實。
醫生行為評估體系缺乏具體考核標準。各地醫保醫生管理制度的核心都是醫生的信用管理，即對醫生行為進行考核，一旦發現違規行為，醫生就會受到降級、退出等處罰。其中，醫生行為的考核直接決定著信用管理的有效性。但目前各地醫生行為的考核標準以定性描述為主，缺乏定量指標，這就導致制度的可操作性大大降低，增加了人為操作的空間。
管理中缺乏信息化技術監測手段。信息化管理是對醫保醫生提交的醫保支付申請進行考核，主要包括三項內容：一是資格審核，只有獲得處方權的醫保醫生所開的處方才能得到系統的認可；二是目錄核對，只有在醫保《藥品目錄》和《醫療服務目錄》范圍內的藥品和項目才能得到系統的支付確認；三是額度限制，當參保者所配藥品超過正常劑量時，系統會發現異常并自動警示。信息化管理是目前提高工作效率最為有效的途徑，也是發達國家普遍采用的醫保醫生管理的核心技術手段。但在各地的醫保醫生管理制度的實施過程中，除了個別地區作出有益嘗試，大部分地區的信息化監管仍處于空白，對于醫生行為的監管甚至停留在人工抽查或者舉報的機制上，根本無法滿足日常監管的需要。
落實醫保醫生管理制度，首先必須彌補制度中存在的缺陷，增強制度的可操作性。
出臺相關法律法規。我國《社會保險法》第三十一條雖然提到了醫保醫療服務行為的規范，但并沒有對醫保醫生的管理以及各方的權利和義務作出明確的說明，無法在實際的監管中發揮作用。所以，應該在法律法規方面作出有益嘗試，提高管理部門的執行力，促進醫保醫生的自我約束。
與我國醫保改革的步伐相協調。我國醫保制度正在經歷著大規模的調整和完善，其每一項改革都與醫保醫生息息相關，主要包括付費方式的改變、居民基本醫療保險的城鄉統籌以及重大疾病保障機制的建立。這三項醫保制度的改革都會使醫保醫生管理工作的重點、負責管理的部門和人員等出現不同程度的調整，所以醫保醫生管理制度必須時刻關注醫保的發展動態，使管理的各項規定始終與醫保的其他制度相契合。
引入社會力量參與監管。引入社會力量是指與專業評估機構合作以及接受社會公民的監督。專業評估機構可以承擔醫保醫生管理工作中的技術工作，例如信息化監測技術，從而大大提高醫保醫生管理的科學性及工作效率。另外，可通過信息公開、匿名舉報等措施加強社會監管。在美國，政府鼓勵老年人積極參與監督醫保基金詐騙和浪費，還成立專門的老年人醫療保險監察項目。該項目一方面鼓勵參保人及時復查自身醫保報銷信息，另一方面不斷完善宣傳教育，從項目開始運行至今，已經對2500萬社區居民進行了醫保基金監管的宣傳和教育。實踐證明，社會公民的監督力量也可以在管理中發揮積極作用。