國內曾流行一種看法，認為區域稅收優惠政策已經不合時宜，不應成為稅收優惠政策的主體，稅收優惠政策應以行業優惠為主、區域優惠為輔。這樣一種觀點對新一輪稅制改革導向產生重大影響。增值稅優惠政策、企業所得稅優惠政策等都已體現了這一導向。這樣一種稅制改革導向與緩解區域發展差距、提高后發區域競爭力相悖，與解決非均衡式城鎮化相悖。中國稅制改革應重新回到“行業優惠與區域優惠并重”的軌道上來。
影響企業投資區域選擇的因素較多，如勞動力成本、交通便利狀況、土地成本以及政府公共管理能力等，而稅收是其中一個重要因素。稅收是企業成本的組成部分，稅收優惠政策是構成區域吸引力的重要因素。利用稅收優惠政策吸引投資、吸引企業“筑巢”是國際通行做法。稅收競爭力已成為一個國家競爭力的關鍵性構件之一，而稅收優惠政策又是體現稅收競爭力的一個重要指標。
區域非均衡發展問題是中國經濟發展中面臨的一個重大問題，也是一個亟待解決的問題。區域非均衡發展過度不僅對后發地區發展不利，也會制約先發地區和整個國家的經濟發展。如果區域發展差距過大，發達地區生產要素投入邊際收益會呈現遞減趨勢，同量生產要素投入到落后地區產生的邊際收益在一定時期內會呈現遞增狀態。
中國要解決區域發展差距過大問題，必須繼續重視區域稅收優惠政策。“行業優惠為主、區域優惠為輔”的稅收政策導向不利于解決區域經濟發展不平衡問題。中國區域稅收優惠政策不僅不能退到次要位置，而且應該置于與行業稅收優惠同樣重要的位置。中國區域發展差距過大問題遠未消除，而且在相當一段時期內難以消除。重區域稅收優惠政策應成為中國一項長期性財稅政策，應成為未來稅制改革的重要指導。
中國推動城鎮化建設，縮小先發地區與后發地區差距，應采取的一項重要戰略是增強后發地區的城市吸引力，吸引跨國有競爭力的企業以及國內有實力的企業向后發地區投資，吸引人流、物流向后發地區集聚。而要實現這個戰略意圖就必須實行有吸引力的區域稅收優惠政策。一般而言，如果一國總體稅負較高，后發地區稅收優惠政策導致的稅負越低，該地區的區域吸引力就越大。
深圳特區、上海浦東新區的高速發展與稅收優惠政策密不可分。稅收優惠政策對深圳特區以及上海浦東新區初期的發展起到至關重要的作用。
深圳特區建立初期推行了一系列稅收優惠政策，如特區“三資”企業減按15%的稅率征收企業所得稅；對進口生產所必需的生產資料免征工商統一稅；依外商投資企業行業、年限、投資額等，兩年免、三年減半征收企業所得稅等等。1994年稅制改革，在全國性稅制統一的條件下，深圳市保留了增值稅、消費稅“地產地銷”的免稅優惠政策。毫無疑問，稅收優惠政策對推動深圳特區的高速發展起到至關重要的作用。稅收優惠政策的實施，吸引大量外資企業進駐深圳特區投資。
上海浦東新區的發展同樣也與稅收優惠政策的實行密不可分。如自2009年5月1日起注冊在洋山保稅港區內的納稅人從事海上國際航運業務取得的收入免征營業稅；上海浦東新區內在2008年1月1日之后完成登記的國家需要重點扶持的高新技術企業可以享受一定的企業所得稅優惠政策。
為了振興東北老工業基地，國家在東北地區也推行了一系列稅收優惠政策，如率先在東北老工業基地推動增值稅轉型改革，有力地促進了東北老工業基地的發展。
實踐經驗表明，先發地區經濟高速發展與國家實行區域性稅收優惠政策是密切相關的。區域性稅收優惠政策的實施，可以增強該地區的“磁場力”，可以吸引生產要素在該地區集聚。
在“行業優惠為主、區域優惠為輔”這樣一種指導思想下，中國在制定稅收優惠政策時偏重行業性稅收優惠。如按照增值稅條例，增值稅優惠政策主要集中在行業優惠上，如黃金生產和經營單位銷售符合一定條件的黃金和黃金礦砂免征增值稅；對節能環保、新能源、信息等產業都實行稅收優惠政策。再如按照企業所得稅法，企業所得稅優惠政策也主要集中在行業優惠上。如對軟件、集成電路企業實行企業所得稅優惠政策等等。
為了促進產業結構升級，支持新興產業發展，行業性稅收優惠政策是必要的。但同時我們也應該看到，在重視行業性稅收優惠政策的同時，也應該重視區域性稅收優惠政策。先發地區從區域性稅收優惠政策中獲得了發展的動力，現在稅收優惠政策的重心應當向后發地區轉移，而不是“輕”區域稅收優惠政策。盡管有一些行業性稅收優惠政策對后發地區有利，如對農業生產實行一定的稅收優惠，但后發地區長期依賴發展農業顯然難以追趕先發地區。新興產業稅收優惠政策也適用于后發地區，但受到其他因素制約，與先發地區相比，后發地區顯然處于劣勢。
中國未來稅制改革應重新注重區域性稅收優惠政策，對后發地區實施更多、更有力度的稅收優惠政策。此外，現行稅收優惠政策主要體現在財稅部門的“文件”中，這些相關稅收優惠政策應適時充實到企業所得稅法、增值稅條例等法規中去。