要有效控制和減少農村的面源污染，首先要解決認識問題，尤其是提高政府重視程度；其次要盡快制定和完善農業生產和農村環境保護標準與法律；再次要努力提高農民環保意識；此外，農村地區還要提高企業的入住標準，等等。

　　面源污染是指溶解的和固體的污染物從非特定的地點，在降水（或融雪）的沖刷作用下，通過徑流過程而匯入受納水體，并引起水體富營養化或其他形式的污染。農村面源污染主要來自農村生產生活過程中產生的垃圾和污水（包括人畜糞便）、農藥化肥殘余物、城市垃圾向農村的轉移、工業企業產生的污染等。
　　我國農村的環境保護長期受到忽視，“垃圾靠風刮，污水靠蒸發”的現象普遍存在。隨著面源污染和生態破壞的加劇，農村環境質量日益下降，對農村居民身體健康構成嚴重威脅，血鉛事件、癌癥村等現象屢見不鮮、觸目驚心。農村垃圾不僅規模急劇擴大，種類也發生了明顯變化，由過去以餐廚垃圾和農產品廢棄物等可自然降解的垃圾為主體，變得更加多元化、難以自然降解，且污染面大、污染性強，包括塑料膜、農藥和化肥包裝袋、食品及日用品包裝、藥品包裝盒、廢棄電池、電子垃圾等。目前我國農村95％的村莊還沒有污水處理系統，農村生產生活的污水隨意排放，重金屬、廢棄物滲濾液、農藥化肥殘余物、人畜糞便等對地表水和淺層地下水造成了比較嚴重的污染，嚴重威脅農村飲水安全。而勞動密集型的小規模農業生產在加劇農村面源污染的同時，也增加了面源污染的控制難度。
　　要有效控制和減少農村的面源污染，首先要解決認識問題，尤其是提高政府重視程度。由于對農村環保問題的長期忽視，缺乏必要的資金保障，農村環保政策、環保機構、環保人員以及環保基礎設施均供給不足，垃圾和污染處理設施嚴重落后。政府應承擔起主體作用，加大財政資金投入力度。資金的主要用途：一是組建農村環衛隊伍，必要時可設立專門的農村保潔員或垃圾收運員；二是建立專門的垃圾收集、清運點，增加垃圾清運車輛；三是在有條件的地區增設垃圾就地資源化處理設備。經濟較發達地區的資金籌措可以采取國家補貼、地方政府投入和個人資助相結合的方式進行。
　　其次要盡快制定和完善農業生產和農村環境保護標準與法律。目前我國在農業生產和農村環境保護方面法律缺失、無法可依的現象嚴重，標準偏少、偏低、過時、分類過粗等現象也普遍存在。在治理農村面源污染的標準和法律方面，發達國家為我們提供了很多可借鑒的經驗。比如：為了限制農藥的生產和使用，美國政府不斷采取措施對農藥的種類、性質、特點和使用方法進行了嚴格規定，以達到有效的管理和控制；歐盟在農業環境立法上制定了《硝酸鹽施用指令》、《飲用水指令》以及《農藥使用指令》等；日本的垃圾處理法律相當完備，采取了基本法、統率綜合法和專項法的三層模式，1999年日本政府還頒布了 《食物、農業、農村基本法》，強調要強化保護農村土壤、促進生態資源等合理發展的能力。
　　再次要努力提高農民環保意識。由于城鄉二元結構的存在，我國農民生活水平、受教育水平整體落后于城鎮，而近些年農村地區受教育水平較高的中青年大規模進入城市打工，導致農村居民和農業主要勞動力以中老年和婦女為主，大多環保知識匱乏，環保意識相對淡薄。政府可以通過培訓、宣講、輿論引導、專題電視節目等方式打造立體式的、有針對性的農村環境保護宣傳和教育平臺，提高農民環保意識，從根本上促進農業生產生活主體造成的污染減量。
　　在有條件的地區，可以積極引導和鼓勵農村垃圾和污水分散化處理。目前我國農村垃圾處理主要采取 “戶清掃——村收集——鎮運輸——縣（市）處理”的模式，總的來說是采取集中化處理的方式。事實上，農村垃圾與城鎮垃圾從成分上來說區別較大，更適宜采用分散化處理、就地資源化利用的方式。在進一步做好源頭垃圾分類的基礎上，可以將難以自然降解的塑料袋、包裝材料、電池、電子廢棄物等垃圾延續集中化處理方式，而餐廚垃圾、農產品殘余物等可通過小型資源化處理設備加工成動物飼料、生物燃料，人畜糞便可分戶或小規模集中堆肥或生產沼氣。就地資源化處理既可以降低垃圾清運成本，而且可以減小農村生產生活成本，從碳氮大循環的角度看，還有利于土壤質素的改善，減少化肥的使用，長期改善土壤結構，有效提高土地可持續生產能力。
　　此外，農村地區還要提高企業的入住標準，重點支持生態經濟、循環和低碳型工業、生態循環型農業以及節能環保產業，嚴防工業污染的蔓延。