中國的城市化進程是與工業化和國際化同步的新型城市化，作為城鄉二元結構的特殊主體，遷移農民成為轉型過程中制度變遷的核心。遷移農民一方面為城市化發展提供了必要的土地和人力資本，推動中國經濟快速發展；另一方面，沒有得到有效保障的遷移農民帶來了“城中村”等社會問題。如何切實保障遷移農民的權益，實現城鄉協同發展，將成為影響未來區域經濟發展和公共政策制定的關鍵。
衡量城市化發展水平的靜態指標是城鎮人口的比例，而指標背后承載的則是人口的遷移、生活方式的改變以及文化的融合。
形成農民遷移的原因主要有兩種類型：一種是被動遷移，處于轉型期的地方政府，出于對區域產業布局優化及城鎮發展的需要，通過征地補償和集中安置的方式，將農民與自身的土地使用權相分離；另一種是農村富余勞動力從土地中自發解放出來，進入第二三產業獲取更高的經濟收益，此時也會出現離開本土的外出主動遷移情況。
當原有土地的農業投資收益或征用補償難以滿足未來職業轉換的資本積累和養老需求時，遷移農民事實上已經失去了“農民”的身份，只能依靠自身的人力資本獲取未來收益，此時遷移農民就處于難以返鄉的“半邊緣化”狀態。進入城市后，如果能夠通過長期勞動合同獲得穩定的經濟收益，并享受教育、衛生等公共資源，獲得城市的身份認同，那么“半邊緣化”狀態就會消除。相反，如果遷移農民受到收入、文化特別是戶籍制度等限制，不能享受就業地區的公共福利，就會造成既不能融入城市又難以返鄉的兩難境地，被“完全邊緣化”。為了生存，被“邊緣化”的遷移農民會在消費相對較低、文化氛圍接近的地區聚集，形成“城中村”等特殊的城市化弊病，成為制約和諧社會發展的瓶頸。
當前遷移農民“邊緣化”的根源在于城市化進程中沒有很好地緩解城鄉二元體系下公共資源供給水平的差異。由于城鄉之間存在社會福利缺口，農民在遷移過程中就面臨兩重的公民待遇：如果就高標準，會給城市發展帶來巨大負擔，城市不得不通過設置遷入門檻減低人口數量；如果就低標準，又會給農民適應城市生活帶來障礙，農民的遷移權沒有得到很好保障。
由于當前城市經濟社會發展的平均水平遠高于農村，社會整體的公共服務還處于相對缺乏的狀態，因此學界解讀農民遷移權的時候突出了對農民入城后的權益保障，而忽略了作為農民所具有的潛在收益水平，也就是農民遷移的機會成本，例如農村宅基地使用權、土地承包經營權等原有利益。如果能夠有效地將農民遷移的機會成本與城市社會公共服務資源進行合理的轉移和置換，將大大緩解農民遷移過程中面對的城鄉社會福利缺口。
另一方面，正常的城市化進程都會經歷城市化、郊區城市化、逆城市化、再城市化的過程，農民遷入城市僅是城市化發展的前期階段，隨著大城市病的涌現和中小城鎮的發展，可以預見的過程是遷入城市的農民還會選擇性地遷出城市，此時如何將城市的公共福利獲取權轉換為城郊、甚至農村的收益權利，也是農民遷移權益保障的重要內容。因此，切實保障農民遷移權的關鍵不是盡量降低城鄉之間的社會福利缺口，這個缺口會隨著社會整體發展水平的提升而逐步縮短，而是建立城鄉二元體系下的公民權利價值轉換體系，即農民如果進城放棄農村的相應收益，就將獲得城市居民的相應權利，相反城市居民要進入村鎮也能獲得對應的權益。
我國城市化是立足于工業化和信息化不斷發展，而區域經濟發展水平差異較大、市場經濟體系尚不完善的背景下的產物，因此難以推行完全市場經濟國家所采用的土地私有和名義戶籍制度。保障遷移農民權益必須將政府的行政協調與市場的價值規律有機結合起來，優化現有的戶籍以及相關配套政策，逐步建立和完善城鄉之間的要素配置市場，其中最為關鍵的就是土地流轉市場和勞動力配置市場。
土地是農民擁有的最重要資本之一，如何將農民的土地轉換為入城的資本，現有的途徑往往是通過政府向集體征地，再進行補償分配的方式完成，這種方法最大限度地發揮了區域土地布局統籌和優化，但難以解決個別農民遷移的土地置換補償要求，因此政府可以通過建立土地資源流轉中心等職能組織，將分散的小塊土地吸納、置換、整合，再進行流轉、補償分配，將農民的土地收益權，特別是農村宅基地使用權、土地承包經營權等轉換為城市中經濟適用房、廉租房等公共配套資源，完成流轉農民的權益保障。
人力資本有機轉換機制也是遷移農民權益的重要保障機制，對于具有專業技術或對于遷入地經濟社會發展有所貢獻的外來務工人員，通過相應的人才評價機制對其人力資本進行衡量并賦予相應的城市公共資源。這也是當前許多城市改革的方向。
此外，對于城市化發展水平較高、城鄉公共服務資源水平接近的地區，也可以采用一元化的戶籍制度改革，即實現城鄉統一公共服務和社會保障，這最大限度降低了農民遷移利益上存在的城鄉差別，讓農民的遷移決策更多地取決于個人因素而非制度的約束。一元化戶籍的優勢在于保障城鄉之間的雙向通道，對城市化后期的發展進行了開放性的制度創新。