省聯社在2004年以來的農信社改革過程中，充分發揮了管理、指導、協調和服務的行業管理職能，發揮了積極的歷史作用。在管理目標多元化（目標之間還不完全一致），可用的有效工具不足的情況下，省聯社管理難免出現“越位、錯位和缺位”的現象。隨著大量農信社轉制為農商行后，省聯社與農商行之間的沖突開始增加，主要集中在以下三個方面：
一是中后臺的效率問題。分散的小規模農信社很難實現金融業務發展所需要的規模效應，省聯社具有集中全省力量提供中后臺服務的規模優勢。但不同地區農信社業務水平差異較大，特別是城郊區轉為農商行的機構，其對中后臺（主要是清結算等IT系統和產品開發）的效率提出了更高的要求。省聯社從成本考慮，同時當心農商行最終脫離省聯社的管理
（目前并不明確），并沒有動力為效率較高的農商行提供高規格的中后臺服務。這些農商行或者自己開發中后臺系統，或者積極與其他股份制銀行合作。省聯社的中后臺服務能力與部分農商行的需求出現了差異，沖突逐步累積。
二是人、財、物的管理問題。為了有效控制風險，省聯社往往從人（有些省聯社只管高管，有些管到一般員工，有些則對任何人員包括臨時工都管）、財（包括對閑置資金的集中使用和超過一定金額的貸款審批）、物（主要是對固定資產的管理）等三個方面對縣級農信社（農商社）進行管理。在這種管理方式下，有利于防止地方政府干預以及控制風險，適合于管理能力較弱的農信社，但對于效率較高的農商行，特別是股東有較強管理能力的農商行，則帶來了一定的沖突。
三是農商行股東利益和省聯社利益的沖突。股份制是從單個法人機構出發，以股東利益為重點，兼顧社會、員工等利益，與農信社（農商行）的部分政策屬性、省聯社的主管
（考慮全省行業的發展）及監管（即包括業務上的監管，也承擔著省政府風險化解的職責）目標并不完全一致（與行業服務和銀行總行的職責相一致的較多）。省聯社市場化的管理手段有限，通過服務實現管理的觀念還沒有形成，有一些省份行政性手段運用得較多，甚至存在過分干預的現象，加劇了兩者之間的利益分歧。
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政府在農信社系統中角色轉變需要盡快推動農信社系統改革 |
政府尤其是省政府在2004年以來的農信社系統改革中發揮了重要作用。一是協助農信社收回不良貸款，尤其是政府融資性不良貸款；二是協助農信社化解歷史包袱，包括通過稅收返還、現金捐贈以及資產置換等方式提供扶持資金，協助推動農信社增資擴股，部分省市甚至籌集專項風險資金，為農信社系統建立風險資金；三是省政府管理為農信社提供了信用保證，事實上提供了隱性擔保，提升農信社的信用度；四是幫助解決了土地、房產等資產確權工作等歷史遺留問題；五是部分省市取消歧視性政策，并給予一定的業務支持和補助。允許涉農部門和單位在農信社開立存款賬戶，允許將各類涉農資金通過農信社管理和發放，允許財政預算外資金存入農村信用社。
但農商行（農信社）經營狀況好轉后，政府對發展好的法人機構開始有訴求了，對其支持地方建設有一定的要求。此外，地方各種外部檢查頻繁，有更強的干預動機。除省聯社和銀監局加大檢查力度外，人行、稅務、財政、審計、行風評議、效能監察等，對其日常工作開展有一定的影響。部分地方甚至出現某一年所有的縣級信用社理事長全部由監管部門指派的現象。為此，需要盡快推動農信社系統的改革，用制度的方式明確政府各級管理部門與農信社之間的關系。
農信社目前面臨的困境，有相當部分是行政性宏觀政策以及宏觀部門政策不協調帶來的，是所有金融機構都普遍面臨的問題。如貸款規模管理給農信社的業務拓展帶來額外約束。除部分地區
（如內蒙古）信用社（含農商行）的存貸比較高外，大部分地區的存貸比普遍較低，但受貸款規模的嚴格限制，制約了農信社（農商行）業務的擴張。
其次，省聯社市場化的管理手段有限，通過服務實現管理的觀念還沒有形成，有一些省份行政性手段運用得較多，甚至存在過分干預的現象，加劇了兩者之間的利益分歧。
另外，縣級法人的治理機制與其運行模式存在差異性。我國地方差異較大，并不是所有縣都具備設立法人機構，也不是所有經營好的農信社都應轉化為農商行，放棄農信社原有的品牌和管理模式。實際上，相當部分農商行的內部治理機制的約束力有限，有些甚至只是具備形式。農信社選擇改制為農商行，除了政府和監管部門大力推動外，一方面是為了能獲得跨區經營的便利，另一方面則是希望引入外部股權，通過溢價的方式解決資本和歷史包袱（經營好的農信社也有溢價，通過改制來增資擴股的意愿并不強烈）。但是設立農商行后，需要按照股份制銀行設立部門，強調組織的完整性，管理人員從原來的三四個增加到十幾個，管理成本（工資和協調成本）大幅增加。由于農信社吸引的大部分外部股東的金融知識和管理能力有限，不能很好發揮股東的約束作用，但更加強調盈利和關聯貸款要求。在股份制改造過程中，還涉及股東人數不能超過200人，員工持股比例受到嚴格限制等。
從農信社改革方面，不同管理部門對農信社（農商行）的不同理解，導致不同的政策設計，影響了農信社的改革。如農信社與農商行在服務“三農”及小微企業方面，政策并沒有根本改變，都要求“兩個不少于”，這反映了監管部門對農信社和農商行的業務定位。但農信社轉制為農商行后，不再享有農信社的法定存款準備金率（一次性提高了4個百分點，顯著增加了農商行的綜合成本）和所得稅優惠（農信社不需要繳納所得稅，農商行需要繳納），改制的直接成本是很高的。在全國范圍內，雖然高度認可農信社支農的政策性意義，但在具體政策方面，卻不能享有與國有銀行一樣的政策優惠。如農信社接收、處置抵債資產，農信社向資產管理公司出售不良資產，不能享有稅費減免政策。