歸納起來，新醫改的具體做法存在以下不妥之處。
首先，全科醫生制度和轉診制度缺失加劇了我國區域醫療資源分布不均與部分公立醫院診療壓力等現象。從醫療資源的區域分布來看，我國大約有70％的醫療資源集中在北京、上海，但是中西部地區醫院資源嚴重不足。舉一個簡單例子，北京的兒童醫院收留的病人中，北京本地患者不足2％，其余皆為外地患者。這就暴露了兩個問題：第一，基層醫療機構由于資金、人才、技術不足，沒有充分承擔自身應有的診療責任，比如全國鄉鎮衛生院2011年比2010年的診療人次數少了800萬；第二，必須盡快建立、完善符合我國國情的全科醫生制度和轉診制度，執行醫生多點注冊規定有助于緩解我國區域醫療資源分布不均的問題。
其次，我國公立醫院的管辦分離還需要加大力氣推進。所謂“管”就是指政府在基本醫療方面與醫療資源配置等方面的決策、監督，而“辦”就是指公立醫院自身的診療、運行。還未進行分離的公立醫院就無法對自己的人事與資產進行精細化、科學化管理，因此無人監督公立醫院普遍存在15％的藥品加成問題、醫患關系緊張等問題。
政府主導和公益性是新醫改核心原則
筆者認為，出現以上問題都是暫時的，是新醫療改革過程中進行制度調整與完善之中難免會遇到的不協調現象。重要的是，在一些細節上還需要進一步改善。
新醫改遇到困難自然就會引起許多患者乃至利益集團的不滿與反對，他們甚至對
《中共中央國務院關于深化醫藥衛生體制改革的意見》、《醫療衛生體制改革近期重點實施方案（2009年—2011年）》等指導新醫改的國家大政方針表示質疑，懷疑正在進行的新醫療改革是否有必要堅持“政府主導”和“公益性”的大原則。從歐美諸國對醫療改革的實踐經驗來看，如果我國新醫改放棄這些原則，那么我們的新醫改不但無法取得成功，相反還會出現比改革前更差的結果。以北京、上海為例，經過三年醫改，北京和上海都取得了很大成績。北京市政府主導并動員且強制所有適齡兒童家庭參加的兒童醫療保險互助基金項目就很能說明問題。北京建立的“一老一小”大病醫療保險，截至2010年3月已累計支付醫保費用1．06億元，其中學生兒童報銷近3500萬元。這個只收50元一年的兒童醫療互助保障項目，運行三年來，不僅沒有出現虧損，而且還結余了3000多萬元。同樣，由分管衛生的市領導協調的上海申康衛生基建管理有限公司匯聚發改委、財政、醫保等部門代表的力量，對所屬公立醫院進行精細化管理，并大力落實政府對公立醫院的投入政策，也取得了很大成績。
新醫改如何取得關鍵性突破
毋庸置疑，新醫改還有很多細節性工作需要政府、衛生、醫藥與患者去做，那么，從新醫療改革全局來說，怎樣落實制度才能保證新醫療改革取得突破性進展呢？
第一，成立藥監會將是新醫療下一步改革的重頭戲。前面也說過無論北京還是上海采用不同辦法對公立醫院進行
“管辦分離”無疑都是成功的，這充分說明管辦分離的方向是正確的。但是這種因地制宜的管理機構如果要全面完整地落實宏觀層面的區域衛生規劃、規范公立醫院行為、監督多方關系（制藥企業、醫生、患者、保險公司）等重大政策就顯然不夠了。就像2003年應對SARS一樣，衛生部一家的力量顯然不足以應對。
因此，建立一個全國層級的醫藥衛生監督管理委員會來統一執行我國醫藥衛生領域的監督管理事務工作就十分有必要了。具體如何構建呢？可以將目前國家食品藥品監督管理局（藥品監管等職能）、衛生部（藥政司等主要職能）、國家工商總局（藥企處罰權等）、發改委（藥物定價權等）、保監會
（監督部分中標醫療保險公司等權力）、人力資源部（醫療保險基金管理權等）賦予給藥監會，以保證其能夠正常履行對我國的公立醫院、制藥企業、醫療保險公司以及醫生的管理與監督工作。在保障醫療水平上升的同時，推動一個更加和諧衛生醫療服務體系的建立，保證我國新醫療改革能夠順利進行。
第二，完善適合我國國情的醫療保險制度，杜絕藥、醫、患、保四者之間的利益結盟現象。我國目前實行的醫療保險制度存在難以監督醫院侵蝕醫保和患者錢財的沖動、利益驅使醫患合謀侵蝕醫保基金等問題，直接導致了醫保費用的嚴重浪費和超支，降低了醫保使用效能，破壞了醫保收支平衡，助長了醫保定點醫院浪費腐敗等行為，而現行醫療保險運作機制對這類醫院基本上沒有約束力。2006年8月4日《焦點訪談》報道哈爾濱傳染病醫院私改病人的肝功能化驗單，使一個健康人在傳染病醫院無緣無故的住了38天的院，還白白的花掉了3900多元。
因此，針對侵蝕醫療保險基金的不法利益行為，可以對我國的醫療保險制度中的投保選擇權這樣加以完善。可以由藥監會鼓勵制藥企業、保險公司、醫院醫生和患者建立這樣一種服務選擇權：首先，藥監會提供幾十家具備提供醫療保險的公司，這些公司將不高于國家基本藥物制度規定價格的藥品從制藥企業手中提供給醫院醫生選擇使用，患者可以將自己的醫療保險投放在能為自己提供低價藥品與低價保險的標的公司，并要求與標的保險公司、醫生之間簽訂一個三方服務接受合同。服務期限視患者自身需要分臨時、短期和長期三種，合同本身是一種患者人手一份的強制合同，就像交通強制險一樣是必須的。如果患者認為哪家保險公司的保費較低就選擇它，哪位醫生服務貼心到位就選擇他（她）。運行患者在一定時間之后換保險公司與注冊醫生，同時，藥監會還會根據患者每年減少使用醫療保險基金的程度給予一定的優惠。這樣建立的競爭性交叉監督關系就可以保證患者為整個社會省下巨大的醫保費用，同時杜絕藥、醫、患、保四者之間的利益結盟現象。
第三，完善全科醫生制度，改善基層醫生從業條件。我國建立的全科醫生制度從長遠來看固然不錯，運行執業醫師多點執業甚至自己還能開設診所為患者提供最大服務，但是受到全科醫生培養周期較長等因素的困擾，我國基層醫療機構尤其是村（社區）衛生所（室）要在短時間之內提高醫療水平與能力顯然不太現實。而據專家分析，目前多數大醫院約80％的門診患者是不需要去大醫院首診的，在基層醫療機構就能解決首診。
因此，要在推行全科醫生制度的同時，穩定并提高基層醫療機構工作人員的生活待遇與學習能力，讓類似患者首診的問題能夠在基層醫療機構得以解決，這樣就節省了大醫院的醫療資源。具體來說，應該做好以下工作：首先，要加強基層醫生執業資格管理，將村（社區）衛生所（室）納入衛生行業管理范圍。其次，還要加快培養基層醫生步伐，抓好村（社區）衛生所（室）的醫療設備與信息設施建設。再次，各地藥監會要直接對鄉村醫生進行專項補助，確保基層醫生收入合理增長。最后，各地藥監會要為基層醫生建立養老保險金，讓他們老有所養、安心工作。
當然，還有很多細節都需要國家在頂層設計上加以考慮，相信經過國家有關主管部門的努力，我國的新醫改工作一定能夠取得比國外第三次醫改更大的成功，為整個民生問題做出更大貢獻。