27日，審計署審計長劉家義向全國人大常委會報告2011年度中央預算執行和其他財政收支的審計情況時，介紹了50個中央部門及其270個所屬單位的審計結果。其中，中科院所屬單位在科研項目中發近億元福利。
　　這暴露出我國科研經費的管理問題——項目立項之后，科研經費的使用，缺乏過程管理，導致一些經費成為了“唐僧肉”，沒有用到科研之中，而是通過各種方式被裝進有關人員的腰包。一是通過“合法”的提成進行“變現”，按照目前的科研管理辦法，有科研提成一說；二是用各種發票沖賬，或者擴大開支范圍，此次審計的結果，就是項目承擔方擴大列支范圍，侵占科研經費。
　　對此，我國科研管理部門已有察覺，2012年，科技部等部門先后出臺了《關于進一步加強國家科技計劃項目（課題）承擔單位法人責任的若干意見》、《國家科技項目（課題）預算管理問答》，以規范科研經費管理，發揮法人單位的審核監督作用，并要求嚴肅調查處理科研不端行為。
　　但從目前的情況看，該意見并沒有得到嚴格執行。按照以上意見，對于侵占科研經費的科研不端行為，“一經查實，將采取通報批評、停止撥款、撤銷項目與取消1-3年項目申報資格的處罰措施。”
　　可根據審計署的報告，對于這起涉及上億資金的侵占行為的處理，僅僅是“對擴大零余額賬戶資金和科研經費支出范圍問題，已將資金歸還原渠道，調整了會計賬目。”但愿這僅僅是初步意見，如果這樣的處理是最終結果，那無疑是對違規行為的縱容。
　　所以，當前的緊要問題是，在強調對科研經費使用的過程管理的同時，必須嚴肅處理，不但要追繳科研經費，而且應該根據情節嚴重程度，對相關責任人進行學術處罰和行政處罰。
　　而要根本上治理科研立項的行政化、利益化，以及當前的福利化，必須改革當前的科研管理體制，擺脫行政管理對科研立項、評價的影響，建立學術共同體，按照學術標準，對科研項目進行管理和評價。