股票發行由審批制向注冊制的過渡，涉及證券市場其他方面的改革，因而是一個系統工程。
　　首先，股票發行如果不需要審批了，而掛牌上市尚需交易所的核準，去了一個“爺爺”，會不會又來兩個“婆婆”呢？我們有理由為此而擔心。在現行體制下，我國的股票交易所是一種準政府機構。股票發行制度與國際接軌，交易所顯然也不能例外。交易所不過是一種有形的市場，就好像浙江義烏的小商品城一樣，它的組織和管理都是相當簡單的，完全可以企業化經營，可以實行開放式的競爭。國家可以制定并公布開設股票交易所的資格或條件；這些條件必須是明確而有限的；只要符合這些條件，任何人可以選擇任何地點設立交易所，自由發展會員并吸引主場主體參與。與對商品市場或金融機構的管理相類似，政府部門可以制定有關法規，并對交易所一視同仁地進行監管。企業化的結果是，交易所只能實行民主化的管理，股東或會員將真正負起責任來；其服務質量必然就會提高。相應地，企業可以自由選擇交易所上市，也可以同時在多個市場上市。
　　如果以上認識是恰當的，那么我們則可以進一步推論出，所謂“多層次資本市場體系”這個說法其實包含著一些理念上的錯誤成分，因而有必要再予以討論。交易所是一種盈利或非盈利的自愿性組織，無論大小強弱，它們在法律地位上是平等的，因而不應當存在主次之分，高低之別。通過自由的市場競爭，如同其他行業一樣，不同的交易所之間必定會形成形態多樣的格局，它們或者是彼此相似的，或者是相互分工的；有的規模可能很大，有的卻很小；其相互關系也將是不斷變化的。人們有時把某個股票交易所稱為“主要市場”，而把另一個稱為“次要市場”，這應當理解為是出于一種便利或習慣，而不具有任何規范含義。例如，美國的納斯達克原本是比較次要的市場，后來，隨著高技術企業的崛起，它就成為了一個主要市場，與紐約交易所平分天下了。微軟公司最初是在納斯達克上市的小企業，它發展壯大了以后，并不轉去紐交所上市，而是繼續留在納斯達克之內。
　　這些盡人皆知的故事，可以幫助我們認識到，一個市場是否可以成為主要的市場，不應當由它自己或監管機關說了算，而要靠它的管理者在自由競爭中努力去爭取。同理，也沒有人天生就該當配角，專門負責接收別人淘汰下來的機會。新的市場要不要設立，新舊市場之間怎樣進行分工，甚至要不要進行分工，這都是生意問題，都不是政府部門應當考慮的事情。由政府部門出面來分封各個市場的名位，是注定達不到預期效果的。這不過是一種表面的、機械的、邯鄲學步式的做法，是一種僵化的形式主義思維方式。
　　上述道理還可以通過對退市問題的再討論而更加明確。當前，退市的呼聲很高；可是，為什么要實行退市制度？似乎很少有人問這個問題。退市的原因其實很簡單：由于企業的掛牌上市要占用交易所一定的資源，這就引發了成本－收益核算；如果企業規模太小，或者業績太差，以致其股票交易額太低，不能給交易所帶來一定的收益，交易所當然就會要求它退市或“轉板”。所以，這只是一個生意上的考慮。市場細分可以給投資者收集、比較和選擇券種帶來便利。企業在不同的分市場之間轉來轉去，也是出于經濟原因（邊緣市場的上市費一般較低）。這些都與對企業的獎勵或懲罰無關。
　　有人對績差公司長期維持上市地位的現象心存不滿，必欲除之而后快，這實在是找錯了情緒發泄的對象。績差公司的問題主要是由于政府人為控制股票的發行，以致其產生了“殼價值”，進而導致股價虛高；假如取消了股票發行的審批制，績差股的股價回歸本位，自然也就不再成為一種令人刺眼的“公害”了。再者，現有的退市制度已經足以促使績差公司產生重組的動機。場內與場外的價差那么大，企業“保殼”的動機原本就是十分強烈的。人們通常只是看到績差公司在重組中所獲得的利益，而不知其為保殼和重組所付出的代價。直接退市的案例之所以比較少，是因為上市公司在退市制度的壓力下成功地進行了重組。也就是說，現有的退市制度的確已經發揮了它的積極作用。然而，有人卻對此置之不顧，一定要看到更多的退市事件實際發生，這豈不是一種“頭痛醫頭、腳痛醫腳”的思維方式？
　　監管部門顯然已經認識到，在績差公司退市以后，仍然需要為其股票轉讓提供某種途徑。可是，這一思路需要繼續延伸出去：第一，這樣的“途徑”其實就是一種市場或交易所性質的組織；第二，在如今電子化交易手段已經十分便利和普及的背景下，這樣的“市場”顯然也可以采用與滬深交易所差不多的方式。難道為了“懲罰”這些績差公司，一定要采用某種原始的交易方式（例如所謂的“柜臺交易”），以圖使其股票交易不那么便利嗎？難道績差公司的股票交易不應當節約成本和提高效率嗎？這顯然是荒謬的。第三，假如這個設想中的市場也采用類似滬深交易所的運作方式，如何確保它將“低于”滬深交易所呢？假如企業（無論IPO或重組以后）愿意選擇這個交易所而不是滬深交易所進行上市呢？假如某個優質企業愿意終身呆在這個交易所呢？按照這樣的邏輯推理下去，我們就可以得出一個結論，即“多層次資本市場體系”只不過意味著設立第三家甚至更多的交易所，或者說，交易所的設立需要實行自由化。
　　當然還可以有另一個選擇，也就是暫且繼續沿用現行的特許制度，股票交易所無論設立幾個，設于何處，都由中央政府以“一事一辦”的方式進行審批。然而，根據以上論述，試圖人為設定不同股票市場之間層級的目標無論如何是不易實現的。這種層級要么經由自由競爭自然形成，要么還不如維持現狀。鑒于不可能強制指定某個交易場所專門負責接收垃圾股，我們可以得出一個結論，即只要交易所認為某些垃圾股掛牌是有利可圖的，同時企業自身又愿意保持上市地位，那么就沒有必要提高退市的標準，或者對此進行行政干預。這些垃圾股掛牌在交易所，并不會損害什么人，也不有礙觀瞻。績差企業是市場經濟體系的一部分，它的存在甚至是必不可少的。現有的交易所可以采取在其內部再劃分子市場，修改行情顯示方式等做法來細分市場。納斯達克、香港聯交所等事實上也都是這么做的。我們需要認識到，在電子化交易時代，單個電子市場本身可以具有極大的容量，因而不同市場之間的結構已經更加扁平化了，不能把那些在工業時代所形成的層級觀念簡單套用過來。與此相反，在交易所特許制之下，應當確立的實際上是這樣的原則，即只要不賠本，原則上交易所應當有義務接納任何股份公司在其中掛牌，為其股票交易提供便利。這種義務應當作為交易所獲得或維持其特許經營權的一種對價而存在。
　　對于許多讀者來說，這個結論也許有些令人意外，其實這不過只是講出了一些平常的道理而已。