需要用公共的理念、公共的規則、公共的軌道來管理具有公共性質的財政資金。
　　“小金庫”形成的原因是多方面的。一方面，“小金庫”具有時代特征，是經濟體制轉軌時期的產物。在計劃經濟體制條件下，我們的國民經濟與國有制經濟幾乎是可以劃等號的。當時的國家財政，主要來源是國有制經濟，國家財政因而并非國家的財政，而是國有制財政。由于國有制經濟主要分布在城市，國有制財政又表現為城市財政，它很難延伸到農村；國有制財政的主要聚焦點是生產建設，它很難延伸到民生。因此，在此范疇內形成的財政運作我們也將其視為自家院落內的收入與支出，并未把它理解成整個社會的收入與支出，也未把它還原為公共的收入與支出，只要在國有制范圍內制訂一個規范就可以，但這樣的運作方式，一旦進入市場經濟的條件，它就是非規范性的行為。
　　另一方面，“小金庫”產生是“放權讓利”改革的滯后效應。中國改革從放權讓利開始，目的是激發改革積極性，給企業、居民還賬。在還賬過程中，出現了財政收入大幅減少，財政收入占GDP比重持續下降。同時，政府支出沒有隨之減少，相反，發展經濟的積極性大為高漲，需要大量的資金，形成了支出規模未減而發展經濟支出激增的現象，規范性收入不足。當時的情形是不給資金給政策，出現了允許政府部門自行創收的現象。只要通過政府部門或行政事業單位自身創收的錢，大家就認為這是自己賺來的錢，不是財政撥付的錢，理應進行專門的管理，這就是“小金庫”。
　　“小金庫”還是慣性思維的延續。一些單位覺得只要是為老百姓做事，只要沒把錢裝入自己的腰包，怎么收、收多少都相對不重要，再加上不科學或不正確的政績觀及加快經濟發展的需要，于是在過去的30年中形成了大量的非規范性的收支行為。以此為基礎，又形成了非規范性的收支機制，這就是“小金庫”產生的基本背景。
　　這種情形與經濟社會科學發展的時代要求已經越來越不相容。經濟改革的進程和市場化發展的階段已經讓我們不能不進入公共財政的時代。這種變化需要一種新的制度安排，改變游戲規則，由舊的拓展為新的公共的制度規范。需要用公共的理念、公共的規則、公共的軌道來管理具有公共性質的財政資金。
　　所以，從根本上治理“小金庫”，要從嚴守三個“底線”入手：
　　第一，行政事業部門經費實行“供給制”。行政事業單位行事的唯一準則應該是追求公共利益最大化，不能心存斂財的念頭，行政事業部門經費要著眼于實行財政統一“供給制”，全部由財政預算撥款，不允許自己創收。即便出于現實國情的考慮，難以一下子消除“雙軌制”，也要將“供給制”作為目標，逐步創造條件逼近“供給制”。
　　第二，全部財政性收支納入預算。預算本身不只是計劃，而是財政管理的重要線索和渠道。全部財政性收支進預算，凡是預算外和制度外收支都是非規范性收支。行政事業單位掌握的錢一旦脫離預算的控制，就容易出現問題。要建立完整統一的公共預算，消滅預算外收支，鏟除制度外收支，形成一個覆蓋整個財政性收支的公共預算。
　　第三，由財政部門專司財政管理權。掌管全部財政性收支是財政部門的天職所在，設置財政部門的根本初衷，就是避免本應以追求公共利益為宗旨的政府行為異化為以利潤最大化為動機的企業行為，不允許其他政府部門發生任何以直接向企業、居民收錢為代表的財政性活動。即便出于工作便利的考慮，也要納入“收支兩條線”的制度框架，實行所謂“代收”、“代征”。
　　如果能做到這三條，各個行政事業單位就會在規范化的環境內，在干凈的土壤上運作，“小金庫”治理工作也就可以獲得堅實的基礎。