科技投入機制是科技體制的重要組成部分，科學合理的科技投入機制有助于促進科技創新、提高科技創新績效。科技投入機制主要涉及投資主體和投資從何而來兩個問題。完善科技投入機制，也應從這兩個方面著手。
　　科技投資主體一般來講是多元的，政府、企業、個人都可以成為投資的主體。那么，在一個國家或地區中，誰是科技投資的主要力量？在我國，目前政府是科技投資的主要力量。這種體制在短期內或在一些基礎性、前瞻性和大型科技投資領域具有優勢，但從長期來看也存在明顯的問題和缺陷，主要表現為：第一，政府作為科技投資的主體，容易導致產業結構同質化。由于人們的有限理性，地方政府組織融資和操辦項目，直接決定發展哪些產業、對什么項目進行投入，容易造成各地產業結構同質化。第二，政府作為科技投入的主體，不利于分散風險。例如，高新技術發展處在前沿領域，開發和應用風險大、失敗率高。即使是風險投資比較發達的美國，成功利用高新技術發展成為世界500強大公司的也僅占5%—10%，而完全失敗的達到30%。政府直接投入雖然規模大，但如果失敗損失也大。
　　投資從何而來，在一定程度上決定著資金的使用效率。現實情況表明，這些年我們在科技方面的投資并不少，但取得的具有獨創性的成果與預期相比還有較大差距。這其中的原因雖然是多方面的，但科技投入主要來自政府是一個重要原因。如果采用行政方式分配資源，那么，科技人員的眼睛就不是盯著市場而是盯著政府，就難以把科技人員的主要精力引導到科技創新和滿足市場需求上。而激勵機制的扭曲，必然導致科技投資效率低下。
　　我國的科技投入機制是在計劃經濟時期形成的，曾經發揮過重要作用。但隨著我國社會主義市場經濟的發展和經濟科技發展水平的提高，政府主導的科技投入機制已不適應新形勢新要求。因此，應加快改革調整，建立健全適應發展社會主義市場經濟要求的科技投入機制。具體地說，可以從以下兩個方面著手。
　　逐步使企業和個人成為科技投資的主體，改變政府投資所占比重過大的局面。在市場經濟條件下，科技投入的主體應該是企業和個人，政府投資只能起激勵和引導作用。經濟學研究表明，公共投資的增長對私人投資有兩種影響：一種是刺激私人擴大投資；一種是當公共投資額超過一定水平時，私人投資減少，即私人投資被公共投資“擠出”。從目前我國的情況來看，政府直接掌握過多的科技投資資源，既不利于形成科技創新的競爭擇優機制，也不利于企業和個人增加科技投入。應加快科技體制改革，逐步使企業和個人成為科技投資的重要主體，政府投資則主要在基礎性領域發揮作用。
　　進一步深化改革，引導更多的民間資本投入科技創新領域。近年來，我國民間資金更多地流向資本市場、資產市場，而不是實體經濟和科技創新領域。應進一步加快綜合配套改革，完善要素市場，降低準入門檻，健全激勵機制，鼓勵市場競爭，保護知識產權，吸引和鼓勵民間資本進入科技創新領域，真正形成多元投入的市場化科技創新機制，進而促進科技創新、提高創新績效。