審計署20日發布的2010年第六號審計公告顯示，盡管被審計的11個省區地方各級政府在土地出讓收支管理和土地開發整理工作取得較好成效，但是部分市縣土地專項資金管理不規范，仍然存在違規征地、以租代征土地、違規協議出讓工業和經營性用地、土地開發整理項目實施效果不佳等違規問題。

　　土地出讓收入：變相減免19.61億元 改變用途56.91億元

　　審計發現，11個市以“招商引資”“舊城改造”和“國有企業改制”等方式，變相減免土地出讓收入19.61億元；有3個市以低于基準地價70%的價格等方式，出讓土地177宗0.8萬畝；有3個市的規劃等部門批準提高0.18萬畝土地的容積率，應征未征土地出讓收入10.57億元。
　　12個市欠征土地出讓收入323.26億元。其中7個市的國土部門在25家用地單位欠繳土地出讓收入25.92億元的情況下，違規發放國有土地使用證。
　　審計指出上述問題后，有關地方政府已按規定補征土地出讓收入161.78億元。
　　審計還發現，11個市改變土地出讓收入用途56.91億元。其中：6個市支出39.36億元，用于高校新校區、會展中心、劇院、軟件園等公共工程建設；4個市支出9.68億元，用于增加政府投資企業注冊資本；6個市支出3.26億元，用于補貼公交公司購車、還貸、設立農業科研發展專項資金等；7個市支出2.1億元，用于彌補國土、城建等部門工作經費不足；4個市違規支出2.38億元，用于建設、購置辦公樓、商務樓、職工住宅等。
　　審計指出上述問題后，有關地方政府已按規定收回并歸還原資金渠道12.62億元。

　　土地出讓收入管理：674.81億元 不規范9.18億元未納入國庫管理

　　審計發現，11個市的674.81億元土地出讓收入管理不規范，未按規定納入基金預算管理，占征收總額的20.1%。其中：繳入財政過渡戶515.87億元，由開發區管委會等非財政部門收取55.73億元；用地單位直接支付拆遷安置補償和企業改制安置支出103.21億元。
　　審計還發現，3個省級2個市級1個縣級國土、財政部門未按規定將9.18億元土地開發整理相關資金納入國庫管理。

　　3市土地市場價超出適用基準地價1倍以上 9省區所屬市縣未足額征收計提資金28.37億元

　　國家規定：基準地價原則上每3年更新一次，并根據市場變化適時進行調整。
　　審計發現，部分地方未按規定及時更新基準地價。截至2009年6月底，有5個市已超過3年未更新，其中3個市的土地市場價比其適用的基準地價超出了1倍以上。
　　審計指出上述問題后，有兩個市已全面開展基準地價更新工作。
　　審計還發現，有9個省區所屬市縣未足額征收、計提土地開發整理相關資金28.37億元。審計指出上述問題后，有關地方政府已按規定補征(提)土地開發整理相關資金12.95億元。

　　改變資金用途20.94億元 虛報新增耕地1.35萬畝

　　審計發現，有3個省級9個市級11個縣級國土、財政部門改變土地開發整理相關資金用途20.94億元。其中：用于城市基礎設施建設9.46億元；行政事業單位基本建設及經費支出4.01億元；對外出借和投資1.21億元；彌補地方財政預算缺口4148萬元；征地拆遷補償和土地儲備等5.84億元。
　　審計指出上述問題后，有關地方政府已按規定收回改變用途的土地開發整理相關資金2.93億元。
　　審計還發現，少數地方新增耕地面積不實或多占少補耕地，具體表現，119個土地開發整理項目通過編造虛假竣工驗收資料、人為改變地類和數據等手段，虛報新增耕地1.35萬畝；13個土地開發整理項目在開發整理尚未達標的情況下，上報新增耕地2.93萬畝；9個建設用地項目多占少補耕地4294.45畝。

　　項目重復申報涉及資金9018.9萬元 未審批已占用集體土地3.9萬畝

　　通過抽查的90個項目發現，一些地方土地開發整理項目監管不嚴。
　　具體表現，6個項目與其他土地開發整理項目和農業綜合開發項目存在重復申報情況，涉及項目資金9018.9萬元；10個土地開發整理項目虛報多結工程款1023.72萬元；11個項目因規劃設計不科學、不充分而被迫中斷施工或延期施工，已完工項目也因設計不科學而無法實現預期目標；14個總計投資1.11億元的項目存在違規招投標、轉分包或未實行招投標問題。
　　此外，20個土地開發整理項目因主管部門監督檢查不力、施工質量不高、后期管護不到位等原因，造成一些損失浪費。
　　審計還發現，部分地方違規批地用地。其中：7個市未經審批征收并實際占用集體土地3.9萬畝；4個市用地單位“以租代征”占用集體土地1.01萬畝，用于酒店、旅游等非農項目建設。
　　5個市未經審批新設和擴大各類開發區涉及用地19.1萬畝；7個市用地單位未批先用土地3.18萬畝(含耕地0.72萬畝、基本農田0.27萬畝)，其中基礎設施項目用地2.32萬畝，工業等項目用地0.86萬畝。
　　6個市依據自定政策或以解決歷史遺留問題名義，將應以招拍掛方式出讓的53宗0.19萬畝經營性用地和220宗1.63萬畝工業用地以協議方式出讓；3個市的8家用地單位擅自改變0.28萬畝土地的用途。
　　審計指出上述問題后，有關地方政府已按規定收回土地3.15萬畝，沒收、拆除非法建(構)筑物33.65萬平方米，罰款1213.76萬元，補辦1.16萬畝用地審批手續。