深交所的公開譴責顯然只是一個開始，對于深陷“代持門”的北大方正和政泉控股而言，來自監管部門的監管壓力正在進一步加強，而對于被卷入其中的兩家上市公司北大醫藥和方正證券，麻煩也正在不斷加大，一方面，北大醫藥被迫發布了退市風險警示，而方正證券則正式陷入了訴訟糾紛，與民族證券的整合也變得遙遙無期。
　　12月14日晚間，北大醫藥發布公告，于11日收到深交所對北京政泉控股有限公司（下稱“政泉控股”）及北大資源集團控股有限公司（下稱“北大資源”）的《紀律處分事先告知書》。
　　公告宣布，由于未及時披露代持協議及權益變動情況，并同時存在股東大會審議關聯議案時未回避表決的違規行為，政泉控股和北大資源同時受到深交所的公開譴責處分，并要求在12月　18日前向深交所提交書面陳述和申辯。
　　而在稍早之前的12月12日，北大醫藥宣布，由于該公司涉嫌違反證券法律法規受到證監會的立案調查，如公司因此被受到中國證監會行政處罰，并且在行政處罰決定書中被認定構成重大違法行為，或者因涉嫌違規披露、不披露重要信息罪被依法移送公安機關的，公司將因觸及《深圳證券交易所股票上市規則（2014年修訂）》13.2.1條規定的欺詐發行或者重大信息披露違法情形，公司股票交易被實行退市風險警示。實行退市風險警示三十個交易日期限屆滿后，公司股票將被停牌，直至深圳證券交易所在十五個交易日內作出是否暫停本公司股票上市的決定。
　　12月15日，北大醫藥在盤前集合競價時段一度跌停，截至收盤，北大醫藥收報于17.21元/股，下跌1.21%。另外，北大方正和政泉控股分別作為方正證券的第一大股東、第二大股東，這兩者之間不斷激化的矛盾也正在越來越多的對方正證券產生影響。12月11日，方正證券發布公告稱，該公司已于12月10日收到長沙市天心區人民法院《應訴通知書》【（2014）天民初字第3847號】、《傳票》、《舉證通知書》等相關材料，政泉控股以股東知情權糾紛為由向長沙市天心區人民法院起訴方正證券。政泉控股要求方正證券提供自2014年8月11日以來，公司股東名冊、歷次股東會會議記錄、股東代表會議簽字文件及股東會決議、董事會會議記錄、董事會議簽字文件及董事會決議，公司的全部財務賬目、會計憑證以及財務會計報告；并要求方正證券董事會自即日起自董事會、監事會改選完畢前，停止一切董事會會議、停止對外發布任何與改選董事會、監事會無關的決議；以及賠償經濟損失125.55萬元。
　　公開資料顯示，11月18日，中國證監會對對北大醫藥、北大資源控股、政泉控股等涉嫌虛假信息披露的違法違規行為進行立案調查。公開資料顯示，截至目前，盡管對于代持原因各有不同說法，但確定北大醫藥股份代持已經沒有爭議，爭議的核心則是在于是否存在內幕交易問題。一位業內人士表示，如果僅僅涉及代持的話，北大醫藥以及北大方正、政泉控股所面臨的行政處罰將比較輕微，一般也就是責令改正、對主要負責人警告再加上數十萬元的罰款，不痛不癢，北大醫藥真正面臨退市的風險也比較小。不過，如果最終的調查結果真正涉及內幕交易的問題的話，恐怕難以善了。
　　無論最終結果如何，此次“代持門”事件顯然已經對北大醫藥和方正證券產生了極為不利的影響。對于北大醫藥而言，“緋聞纏身”使得這家公司雄心勃勃的擴充計劃大受影響，稍早之前，該公司公告稱，證監會鑒于已對公司進行立案調查，根據《上市公司證券發行管理辦法》的相關規定，中止審查公司發行股份購買資產并募集配套資金暨關聯交易事項。
　　對于方正證券而言，問題則更為麻煩：陷入停滯的對于民族證券的收購后整合，以及該公司第一大股東和第二大股東之間“刺刀見紅”緊張關系。早前的12月2日晚間，方正證券發布重大風險提示公告，宣布由于民族證券董事會、管理層拒絕配合，可能影響上市公司2014年年度報告審計工作的正常開展。