南水北調來水進京后，北京多年來超采的地下水有望獲得“回補”，生態用水總量將顯著提升。
　　記者從北京市南水北調辦公室了解到，中線工程通水后，年均將有10．5億立方米的水送至北京。屆時，南水北調來水將成為北京“主力水源”，北京大部分自備井將逐漸關閉。
　　“這不僅能讓北京應急水源地‘休養生息’，還可對地下水進行天然回補和適當的人工回補，有效遏制地下水水位下降趨勢。”北京市南水北調辦主任孫國升說。
　　北京市水利規劃設計研究院副院長張彤認為，南水北調來水的注入，將給北京注入新的“血液”，緩解其生態環境壓力。“過去北京每5杯水里，地下水占了兩杯半，南水北調來水后，5杯水里的地下水只需要1杯半，地下水超采問題將得到緩解。”
　　北京目前已通過“南水北調來水進京及配套工程后續規劃建議”，提出將在密云、懷柔、順義、平谷、昌平、房山等地實施地下水儲備，為城市河湖補充清水，返還農業和生態用水，改善首都生態環境。