種種跡象顯示，盡管外界期望很高，但監管層在全力以赴協調滬港通各項工作的同時，對于深港通的推進仍然抱有十分微妙的態度。在業內人士看來，考慮到深交所市場中小板、創業板的估值水平同港股存在顯著差異，貿然開放深港通將給A股市場的估值結構帶來巨大的沖擊。
“目前市場各方面正在集中精力做好滬港通試點啟動的各項準備工作，以確保滬港通順利平穩啟動。我們改革開放成功的重要經驗就是漸進式改革，先試點，總結經驗，再逐步推廣。資本市場的開放必然也是走這樣的路子�！敝袊C監會新聞發言人鄧舸9月5日表示，已經注意到媒體關于深港通的一些報道，由滬港通而想到深港通，合情合理。深港比鄰而居，交流方便，深港交易所一直有很好的合作�！霸跍弁ㄔ圏c取得經驗的基礎上，我們支持深港兩所進一步加強合作，深化和豐富合作的方式和內容，共同促進兩地資本市場健康發展�！彼f。
“證監會的表態很明確，先看看滬港通實施的具體效果，再討論深港通的問題�！北本┑囊晃蝗倘耸繉Α督洕鷧⒖紙蟆酚浾弑硎�，盡管從長遠來看，滬深港市場的一體化勢在必行，但在現階段，深港通尚不在問題討論之列。公開資料顯示，今年8月26日，有媒體報道稱，深圳金融發展辦副主任肖志家表示，聯通深圳證券交易所和香港聯交所的“深港通”已報批。不過隨后，前海管理局立即澄清稱：目前深港通還處于研究階段，尚未進入報批流程，具體推出的時間表暫時還無法透露
在今年4月11日新聞發布會上，證監會新聞發言人回答記者提問時曾談到，本次股票交易互聯互通機制試點暫未納入深交所有幾點考慮：一是這種互聯互通是新事，需要先試點。初期由滬、港交易所先行先試，在實踐中不斷完善相關制度安排，有利于平穩推進我國資本市場對外開放。二是上海與香港兩地市場估值水平較為接近，滬港通對兩市場估值水平影響相對較小，有利于防范風險，確保試點平穩起步。三是滬港通模式是滬、港交易所通過自主商業談判選擇的合作方式，體現了兩所基于自身定位和發展需求的合作意愿。
一方面，業內普遍認同，滬深港三地市場的一體化是一個長遠的趨勢。武漢科技大學金融證券研究所所長董登新表示，深港通的研究將是滬港通的延續，從長遠角度看，滬深港三地的一體化是符合世界趨勢的，并且也將對我國市場未來的發展帶來長遠的影響。
但另一方面，考慮到滬深市場差異，也有業內人士擔心，貿然開放深港通將對A股市場造成巨大沖擊。有業內人士認為，港交所藍籌股的整體估值和滬市藍籌股相近，香港市場的成長股平均市盈率通常在20倍上下，而深市創業板市盈率卻在50倍以上，不少股票靠炒作支撐股價，如果深港通在這種估值不對等的環境下開通，深市創業板和中小板將存在估值“雪崩”的危險。
來自交易所的最新數據顯示，截至9月5日收盤，上證A股平均市盈率為11.23倍，深證A股的平均市盈率則為29.96倍，其中，深市主板的平均市盈率為19.56倍，中小企業板的平均市盈率為39.20倍，創業板的平均市盈率則高達65.04倍。工商銀行城市金融研究所分析師羅寧認為，目前滬港通仍處于試驗階段，可能還會出現預料之外的問題與風險，貿然推行深港通可能放大風險，對境內市場造成強烈沖擊，建議在“滬港通”順利運行并積累出實踐經驗的基礎上再推深港通，穩步發展資本市場。
實際上，從目前的情況來看，監管層的工作重心仍然放在滬港通，特別是包括稅收、額度的一系列細節問題的解決上。鄧舸表示，由于滬港通稅收問題涉及現行法律法規，政策性強、影響面廣，既要堅持稅收政策的公平性、嚴肅性，又要兼顧滬港通業務的創新性、開放性，相關稅收政策需要綜合考慮多種因素后慎重決策。證監會正在積極協調配合有關部門推進這項工作，爭取相關問題的盡快解決。
業內人士表示，由于目前“滬港通”在諸如征稅、會對等技術細節上依然不明，且兩市監管水平差異較大，或令兩市互通后出現交易風險。特別猶豫內地與香港股市存在交易時間和交易制度顯著差異，將會形成套利空間。內地和香港市場如何實現制度對接是滬港通乃至未來深港通均要面對的重要挑戰。
