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針對農業“非稅”“隱政績”產業特征造成部分主產區重點工作偏離農業的情況，部分專家學者、基層干部表示，應當改變當前“唯GDP論英雄”的考核體系，探索產區的差異化考核，設計“有稅農業”轉移支付制度，改變“中央反哺農業、地方反哺工業和城鎮”現狀。
首先，對主產區的考核標準應當向提高糧食生產能力、農業綜合發展能力傾斜，“向糧要政績、問農要指標”。江西省社科院農村經濟研究所副所長尹小健表示，“GDP本位”的考核體系“一把尺子量到底”，忽略了各地自然條件、經濟基礎、資源稟賦差別，應當在主產區單獨建立考核體系。除了設立專項扶持基金外，應以對國家糧食安全貢獻度為標準建立考核制度，不再將農業大縣和工業大縣進行簡單排名，改變“農業弱勢化、干部邊緣化”現狀，使其安心抓糧。
第二，在健全基層基本財力保障機制的同時，探索建立獎補資金與農業產能相掛鉤的轉移支付制度，使農業變為“有稅產業”。江西省宜春市農業局局長鄒獻明建議，應當核定農業大縣第一產業的GDP值，按照二三產業GDP的稅率，計算一產的稅收額度，國家以此為基準，將這一部分“虛擬稅收”作為一般性財政轉移支付給農業大縣�！暗胤街挥凶鰪娮龃筠r業產業產值，才能獲得轉移支付”�！袄�，2012年宜春市農業產值約300億元，比照二三產業7%左右的稅率，可獲得中央21億元的財政轉移支付額度�！�
第三，完善相關產業配套政策，促進加工、倉儲、物流相結合的農業現代產業發展，延長農業產業鏈。中國農業科學院黨組書記陳萌山說，2012年我國農牧漁業總產值為5.2萬億元，農產品加工產值是15萬億元，農產品流通產值超過10萬億元，后兩項之和是前者的兩倍以上，發展前景廣闊。
山東省委農村工作領導小組辦公室副主任劉同理認為，僅靠中央轉移支付主產區財政狀況很難改善，幫助其發展產業才是根本�！爸С种鳟a區產業發展，一方面讓種糧大縣種糧不吃虧，一方面發展重點產業，‘兩個輪子一起轉，就像壽光、諸城這些的農業產業大縣，照樣能成為財政大縣’。”
第四，“有多少錢辦多少事”，逐步減免主產區的項目配套，促使產糧大縣財權與事權相匹配。中國農業大學經濟管理學院教授林萬龍建議，應對產糧大縣的債務進行分類調查，劃清責任歸屬，逐年核銷其因執行中央糧食政策而積累的銀行債務，營造相對寬松的財政和金融環境。逐步調整財稅關系，給產糧大縣更多財權，實現財權與事權的統一。
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