控股股東慷慨出手相救，卻并沒有為長航鳳凰帶來預期收益。因對處置資產的會計處理偏差，長航鳳凰2012年的虧損額從8.05億元擴大至18.8億元。
    2012年8月28日，公司將持有的十三艘船舶和相關負債轉讓給控股股東，以減輕資金風險和償債壓力。截至2012年6月30日，擬轉讓船舶資產的賬面值為33.37億元，與之相關的一同轉讓的負債為33.07億元，凈額2945.28萬元；經評估后上述13艘船舶的資產和負債評估后凈額為-10.72億元。控股股東承接十三艘船舶的交易對價為零。
    長航鳳凰認為，此次評估價值只宜作為成交參考值，2012年基于未來航運市場的預測，目前同行業中尚未有航運企業對同類型船舶計提減值準備，公司對同類型船舶2011年末和2012年減值測試結果顯示該批資產未有減值。公司與關聯方的交易價格以賬面價值成交，是資產公允價值的體現，交易價格合理，未顯失公平。按雙方的交易價格，公司原會計處理確認營業外支出2945萬元，即確認資產與負債賬面價值差異。
    而年審會計師則認為，交易資產的評估價格應為公允價值，按照證監會公告[2009]34號《關于做好上市公司2009年年度報告及相關工作的公告》的相關規定和解釋，高于評估價格的部分約11億元需作為資產處置損失，同時等額增加股東投入并計入資本公積。
    就此，雙方分歧嚴重。4月16日，經有關部門會商后，認為會計師的處理意見更為妥當。長航鳳凰決定相應調整了相關會計處理。修正后：公司營業外支出（非流動資產處置損失）增加10.75億元，歸屬于股東的凈利潤由虧損8.05億元增加到虧損18.80億元，與此同時，資本公積金增加10.75億元。