國務院提請十二屆全國人大一次會議審議的國務院機構改革和職能轉變方案指出，政府職能轉變是深化行政體制改革的核心，轉變國務院機構職能，必須處理好政府與市場、政府與社會、中央與地方的關系。方案針對國務院機構職能存在的突出問題，從六個方面提出措施，明確了職能轉變的方向、原則和重點。
　　一是充分發揮市場在資源配置中的基礎性作用，通過減少投資項目審批、減少生產經營活動審批事項、減少資質資格許可、減少行政事業性收費、逐步改革工商登記制度等，從體制機制上最大限度地給各類市場主體松綁，激發企業和個人創業的積極性。
　　二是更好發揮社會力量在管理社會事務中的作用，通過逐步推進行業協會商會與行政機關脫鉤，重點培育、優先發展行業協會商會類、科技類、公益慈善類、城鄉社區服務類社會組織，建立健全統一登記、各司其職、協調配合、分級負責、依法監管的社會組織管理體制等措施，加快形成政社分開、權責明確、依法自治的現代社會組織體制。
　　三是充分發揮中央和地方兩個積極性，通過下放投資審批事項、下放生產經營活動審批事項、減少專項轉移支付等措施，更好地發揮地方政府貼近基層、就近管理的優勢。
　　四是優化職能配置，提出三個方面的整合重點，包括整合房屋登記、林地登記、草原登記、土地登記的職責，整合城鎮職工基本醫療保險、城鎮居民基本醫療保險、新型農村合作醫療的職責等，分別由一個部門承擔；整合業務相同或相近的檢驗、檢測、認證機構；整合建立統一規范的公共資源交易平臺、信用信息平臺等。
　　五是改善和加強宏觀管理，包括強化發展規劃制訂、經濟發展趨勢研判、制度機制設計、全局性事項統籌管理、體制改革統籌協調等職能；加強社會管理能力建設，創新社會管理方式；國務院各部門加強自身改革，大力推進本系統改革。
　　六是加強制度建設和依法行政。其中，通過建立不動產統一登記制度、建立以公民身份證號碼和組織機構代碼為基礎的統一社會信用代碼制度等措施，加強基礎性制度建設；通過完善依法行政的制度、健全科學民主依法決策機制、建立決策評估和糾錯制度、嚴格依照法定權限和程序履行職責、建立健全各項監督制度等措施，加強依法行政。