失去神圣光環的馬云，能否在新的一年里帶領阿里巴巴迎來新的輪回？
一直宣講誠信和商業道德的馬云，在2011年支付寶股權轉移事件中，一度陷入了商業誠信和喪失契約精神的質疑中。失去了神圣光環的馬云，開始將權力轉移，更多地隱于幕后。
盡管身為阿里巴巴集團主席和首席執行官，但在外界看來，馬云更像是一個“影控”國王，在幕后牢牢掌握著阿里巴巴的一切，只在最危機的關頭露面，又如救火先鋒。
多年來，他最想做的一件事，就是從雅虎的手中回購股權，目的是為了讓阿里巴巴下一代管理者不必過于承受股東的壓力。
重掌阿里
2012年，馬云已經越來越少在公眾面前出現。即便如此，他也從未停止過幕后的工作——從雅虎回購股權、主導阿里巴巴從資本市場退出、重整公司架構。
用馬云的話說，這一切是為了阿里巴巴下一代管理者，不必過于承受股東的壓力。
直到6月18日，港股上市公司阿里巴巴公告宣布，開曼群島大法院已經于6月15日批準了公司私有化計劃。香港聯交所以此計劃生效為前提，已經批準撤銷阿里巴巴股份公司在港交所的上市地位，于2012年6月20日16時生效。
阿里巴巴集團對此次私有化給出的解釋是，這是出于公司業務戰略轉型的需要，并同時給小股東提供變現投資收益的機會。
馬云認為，中小企業在面臨原材料、勞動力成本上漲等巨大壓力下，B2B的業務模式面臨著巨大的挑戰，需要加快轉型升級。但在外界看來，阿里巴巴B2B公司私有化的真正目的，是配合馬云重整阿里巴巴棋局中的一環。
緊接著，馬云再出一招，調整阿里系各子公司為事業群。由于各子公司過于強大，導致集團對他們的掌控力過弱。
7月23日，阿里巴巴集團對外宣布，集團將從原有的子公司制調整為事業群制，把現有子公司的業務調整為淘寶、一淘、天貓、聚劃算、阿里國際業務、阿里小企業業務和阿里云等七個事業群。在七個事業群背后，是阿里系的數據以及技術底層的打通。此前，各子公司各自擁有賬戶系統，這對整個集團而言是資源的分散。在此基礎上，阿里巴巴集團形成一個CBBS（消費者、渠道商、制造商、電子商務服務提供商）市場集群。
七個事業群總裁直接向馬云匯報。在此次的架構重整中，馬云把剛剛退市的阿里巴巴B2B公司業務分成了兩塊兒，業務更加細化，目的是為了加速推進“one
company”的目標，
“把阿里巴巴的中小企業和淘寶市場體系有效地結合，是為了全面提升集團對小企業和消費者的服務能力，建立合理的組織機制保障。”上述調整對于阿里系來說，仍未解決一個根本問題，即40%的股權仍然握在雅虎手里。大權外落，對馬云而言，是一件充滿危機的事兒。
用馬云的話來說，這不利于阿里巴巴集團日后的管理層。“一旦有一天我退休了，職業管理團隊持股比例過少，在做決策時會遇到問題。我不想讓在雅虎和其他公司發生的事情在阿里巴巴重蹈覆撤—沒有人能做決策，最后只能是股東決策，這對大公司是一場災難。我希望不管誰執掌公司，他都能負起責任。花這么大精力確保阿里巴巴有一個健康的股東結構，原因就在于此。”
正因為有了這些想法，才導致馬云在2011年支付寶股權轉移事件中，一度陷入了商業誠信和喪失契約精神的質疑中，但這并未阻止馬云奪回股權的行動。
此前馬云屢有嘗試，但并未成功。
馬云向媒體透露，從2010年開始，阿里巴巴集團向雅虎提出回購股權的想法，因為在中國做互聯網，企業數據、消費者信息數據會變得越來越敏感，如果公司的股權有很高的外資比例，對阿里巴巴集團發展不利。
“過去這些年，我們一直有交流這個問題。”
當時，雅虎拿出來了一個方案，供董事會探討。到了“關鍵時刻”，雅虎又反悔了，最終導致回購方案流產。
“企業做事情一定說話要算數，如果不算數，這事沒法談了。”馬云說，“我對他們沒信心，今后再要討論什么事情，要寫下來，想清楚了再跟我們干。”
這一次的失敗談判激發了馬云勢必拿回阿里巴巴集團控制權的想法。馬云在赴美期間，將很多時間花在了游說雅虎董事會成員上。
2011年10月7日，馬云在斯坦福大學的演講中明確表示有意收購雅虎，從而拿回雅虎特有的阿里的股權。一度有消息稱，阿里巴巴集團和軟銀與私募基金積極接觸，著手完全收購雅虎。
2012年2月，雅虎與阿里巴巴之間就亞洲資產出售的交易陷入僵局。
直到5月，阿里巴巴與雅虎之間達成了股權回購協議：阿里巴巴集團將動用63億美元現金和不超過8億美元的新增阿里巴巴集團優先股，回購雅虎所持有的阿里巴巴20%的股權。股權回購后，雅虎與軟銀在阿里巴巴集團的投票權也隨之被大大稀釋。交易完成后，兩大股東的投票權將降至50%以下。
內部肅清
對于一個已經擁有淘寶、天貓、一淘、阿里云、阿里巴巴B2C以及中小企業各種業務的阿里集團，雖然有明晰的業務線，但是整個系統卻仍顯混亂，在一定程度上，其優勢資源并未得到最大程度的體現。加之面對目前電子商務的環境，集團旗下各大子公司過于強大，卻并未形成合力。對于馬云而言，重整公司并非易事。這不僅是包括對公司架構的調整，還包括對13年成長過程中積弊問題的清除，包括最為外界詬病的欺詐和腐敗問題。
馬云的第一把刀，揮向了彼時還在港股上市的阿里巴巴B2B公司。
部分員工因疏忽或故意導致了一些涉嫌欺詐的公司加入阿里巴巴平臺，公司先后有近百名銷售人員受到包括被開除在內的多項處理，公司CEO衛哲、COO李旭暉二人也因此“引咎”辭職。更為嚴厲的肅清還在淘寶的腐敗問題上。7月5日，淘寶網發布了一條公告：“經杭州警方確認，原聚劃算總經理閻利珉（慧空）因涉嫌‘非國家工作人員受賄罪’，已被刑事拘留，目前案件調查正在進行中。”反腐已然成為阿里巴巴執意要做的事情。據了解，阿里巴巴集團不僅于2011年成立了廉政部，任命了阿里巴巴B2B公司的安全主管，還設立了風險官一職，其重要職能是“保證平臺公司的開放性、透明性和穩定性”。
馬云坦言這一事件是“公司成長中的痛苦，是發展中必須付出的代價”。但是，他希望員工“具備面對現實，勇于擔當和刮骨療傷的勇氣”，同時他再次強調要堅守使命，堅持理想，堅持原則，而不是以追逐利潤為目標。
馬云用最簡單的方式處理了這起誠信風波，并換來了阿里巴巴誠信的金字招牌。若沒有發生淘寶商城抗議一事的話，或許，馬云的計劃近乎完美。
2011年10月10日，淘寶商城升級商家管理體系，大幅提升了商城店家成本：原來每年6000元的技術服務費提高至3萬元與6萬元兩檔；建立“商家違約責任保證金”制度，收取保證金1萬至15萬元（多為10萬和15萬兩檔）。
新規背后一句重要的潛臺詞是：通過資金門檻，驅逐商城中實力較弱的中小賣家。
這導致中小賣家怨聲載道，甚至有人表示：“一年21萬，存銀行的定期利息都比開店賺得多”。
因不滿淘寶商城的提價新規，中小賣家們開始有組織、有計劃地攻擊淘寶商城大賣家，迫使部分大賣家運營停滯。
組織者表態：“我們不是想搞死某一家店，只是想要一個尊重生存的權利。”換言之，發起此次攻擊的部分中小賣家希望通過攻擊同行，爭奪與淘寶談判的籌碼。
馬云一如既往地強硬，聲稱自己不會妥協。
但這場被稱作“網絡暴亂”的攻擊延續到10月17日時，終于以馬云出面宣布“將投入18億元進一步扶植淘寶商城中小賣家”而告終。淘寶方面表示，新規被理解為“單方面提價”是一種誤讀。就技術服務年費而言，這是一項可以被返還的收費，而且“絕大部分商家符合年費返還標準”，“平均每天交易額3000元左右，便可獲得技術服務年費全額返還”；而違約責任保證金是凍結在商家自己的支付寶賬戶中，“淘寶商城無權、也從未想過挪用此資金做它用”。
此外，“對一些達不到基本服務水平和經營規模、不能達到企業化經營標準的商家，淘寶商城愿意幫助他們轉到‘淘寶集市’（即以前的淘寶網）繼續經營”，商家歷史交易、累計信用都不受影響。
阿里巴巴以“暫緩實施新政”平息了的這場抗議活動。
在一次媒體懇談會上，馬云表示，自己是一名商人，商人的目的是賺錢。但長久以來，在自己身上的道德光環終有一天會成為自己的枷鎖。