5月23日晚，上海醫藥集團股份有限公司(下稱上海醫藥)發布澄清公告稱，截止目前未收到中國證監會或香港聯交所就財務造假或其他事宜展開任何調查的通知，否認了此前《21
世紀經濟報道》等媒體報道中的所有指控。
《21
世紀經濟報道》指稱，第一，上海醫藥對常州康麗制藥有限公司(“康麗制藥”)的收購，以及2012年第一季度將康麗制藥的財務報表合并入的財務報表存在財務造假；第二，2011年收購上海新亞藥業有限公司(簡稱：上海新亞)存在財務造假；第三，操縱其收購上海新先鋒藥業有限公司(簡稱：上海新先鋒)無形資產的對價；以及中國證監會和香港聯交所就上述指控已經對上海醫藥展開了調查。
對于第一點，上藥醫藥澄清說，公司已完成對康麗制藥70%股權的收購，并已依法就該收購完成工商登記。康麗制藥擁有其相關無形資產的完整知識產權。由于本公司已在
2012 年初獲得對康麗制藥的實際控制權，因此 2012
年第一季度將康麗制藥的財務報表合并入本公司的財務報表，符合適用會計準則的相關規定。
針對第二點，上海醫藥稱，公司的外部審計師，包括國際審計師羅兵咸永道會計師事務所，境內內審計師普華永道中天會計師事務所，均對本公司
2011 年度的財務報告出具了標準無保留的審計報告。而普華永道中天會計師事務所，作為上海新亞的外部審計師，也對上海新亞 2011
年度的財務報告出具了標準無保留的審計報告。審計報告顯示，上海新亞及本公司的收益和利潤是完全遵照適用會計準則依法記錄的。
有關第三點，上海醫藥稱，對于上海新先鋒無形資產的收購已于2012年4月27日的公告中作了正式披露。如公告所披露，該等收購的對價是基于獨立第三方評估機構出具的資產評估報告中的評估價值，并履行了國有資產評估備案的相關程序；該收購完全符合中國境內及香港關于關連交易的監管規定，公平合理。
雖然上海醫藥矢口否所有的媒體指摘，但是作為一個老牌的上海國有企業，上海醫藥的內部控制是頑疾。就在2011年11月8日，原上海醫藥總裁吳建文因犯受賄、貪污、挪用公款，總額5100萬元，被判處死刑緩期二年執行。
吳建文畢業于復旦大學，曾先后擔任新亞藥業總經理、董事長，新先鋒藥業總經理，上藥集團抗生素事業部總裁，和上藥集團總裁兼新先鋒藥業董事長。吳建文一案是近年來上海檢察機關在醫藥領域查辦的重特大職務犯罪案件，暴露出了嚴重的國有企業內部監管的缺失。
上海醫藥原本寄托于通過重組上市，通過市場化的歷練，實現公司治理的提升。2009年10月15日，上海醫藥通過吸收合并、發行股份購買資產的方式打造“上海醫藥”，涉及香港、上海共四家上市公司、國有醫藥資產超過200億元。
就在重組上市之前，當時上實醫藥副總裁兼董事會秘書湯德平接受《財經》記者采訪時說：“重組以后是新的形態和起點，也帶來了質的變化，但是必須結合將來在管理上和公司治理上的提升，這樣才能體現重組的意義。”
而上海醫藥分管兼并收購業務的前副總裁葛劍秋
“因遭受內部舉報”，于2011年12月1日辭職并離開上藥。葛劍秋從2011年7月開始在其個人微博上，抨擊國有企業體制問題。5月23日下午，葛劍秋在電話中告訴《財經》記者：“我當時從瑞銀到上藥，不是僅僅為了做上市的事情，而是看到了國有企業的資源優勢，想利用各種力量逼迫上藥走上市場化改革的道路，但是后來發現這個體制真的是沒有辦法改變，所以只好放棄。”
5月23日，因媒體報道的不良影響，截止收盤，上海醫藥H股下挫24.34%，A股下跌9.97%。按照a股總股本19.23億股計算，上海醫藥單日市值蒸發近22.88億元。
《財經》記者從多家基金公司獲悉，5月24日基金方面應該還會繼續賣出。“雖然上海醫藥否認了媒體的指責，但是在無法判斷的情況下，基金應該還是會避險。”
而摩根士丹利在發給客戶的分析中表示，對于上海醫藥的業績預期是2012年每股收益0.683元，低于市場一致預期的0.717元。根據5月23日9.11港元的收盤價計算，對應的市盈率是10.9倍。