《經濟參考報》記者在浙江、湖南、北京、廣西等地調查發現，分稅制財政體制在運行中存在這樣一些問題：財力相對集中在中央，事權分散在地方，導致一些基層政府為應對各項發展目標而不堪重負；中央一些部門財權過大、專項轉移支付比重過高的問題，造成中央調控偏離均衡地區差距的初衷，引起不少地方政府的不滿；公共財政使用中普遍缺乏有效監督，又加劇了這些矛盾的產生。
地方干部反映財權事權不匹配
全國人大常委會預算工作委員會研究室主任馮鍵認為，分稅制財政體制中事權劃分最大問題是：財力相對集中在中央、省級，事權分散在基層，大量的具體支出責任主要落在了縣市基層政府身上，而基層政府可支配財力又很少，形成責任在基層、財權在上級的不合理局面。
“財權和事權最不匹配的地方就是教育。”湖南省衡陽市祁東縣縣長雷高飛說，全縣397所學校，必須拆除重建的D級危房近9萬平米，加上學校其他設施建設，匡算一下至少投入要達到2.4個億�！爸醒�、省給我的學校房屋維護費、城市基礎設施配套費等，加起來總共收入不到2000萬元。兩千萬要干2個多億的事情，客觀上很難全部完成�！�
一些沿海經濟發達縣市財政支出同樣不堪重負。浙江省樂清市2009年財政收入59億元，在過去的五年，該市可用財力年均增長14.8%，但地方財力年年入不敷出，且人均財政支出2215元，還不到浙江省平均數的一半。
為什么財政蛋糕越做越大，自己卻越吃越少、越來越“窮”？樂清市委書記潘孝政說，樂清外來人口有70萬。去年樂清地方可用財力用于教育支出的占到一半，近14億元，外來民工子女教育支出占到其中的25%。
“中央對欠發達地區關注是對的。但財權事權要統一，中央應該把這筆義務教育轉移支付我們這里來，而事實是，我們上交了財政收入，中央教育轉移支付款給了中西部人口輸出地，孩子們上學卻到了東部，我該交的交了，還要追加責任，造成了實際上的‘重復轉移支付’。”
馮鍵說，按照國務院關于實行分稅制財政管理體制的決定，中央財政除了保障本級支出外，主要承擔均衡各地區財力的責任，而不應具體安排大量屬于地方責任的項目。但在實際執行中，大量地方性的支出項目由中央決策、地方執行，“中央點菜、地方買單；中央出錢、地方配套”加劇了地方財政收支矛盾。
“有限的財力用到國家項目‘配套資金’上了�！钡靥幬鞑康牧菔辛强h縣長牛繼昌介紹說，前年柳城爭取了1.3億元的水利項目，卻要承諾3000萬元配套資金，逼得這個財力捉襟見肘的農業縣縣長“一天到晚琢磨著如何拆東墻補西墻”。
“部門割據”影響中央調控效果
湖南省省長助理、財政廳長李友志認為，如果說1994年前分稅制改革目標主要解決地方“割據”的問題，那么當前要完善分稅制主要是解決“部門割據”的問題，“由于中央專項轉移支付過多、中央管錢的部門過多，導致資金使用分散，效率低下，‘跑部錢進’，還滋生腐敗�！�
全國人大提供的一份報告顯示，2009年中央專項轉移支付數額達到12359億元，占全國轉移支付的52%。大量專項轉移支付由中央有關部門安排下達具體項目。
“國家財政去年給了湖南1000多個億，大部分是專項，省級以下只有配套的權力�，F在上面批資金，建文化站也管，建派出所也管，建法庭也管，還要查這些資金的去向�！崩钣阎菊f。
湖南祁東縣歸陽鎮黨委書記周才平在接受記者采訪時大倒苦水。該鎮黨委政府辦公樓是上世紀六十年代早期的，但鎮“七站八所”在中央一些部委自上而下的督促下，紛紛大興土木�！拔幕巨k公樓在建，司法所辦公樓建好了，計生樓要新建，有的所就一兩個人，非要造一棟樓，上面還要求有紅外線水龍頭，手一伸就出水，一千多元一個，光這筆就花了幾千元錢。上面只給了8萬元，鄉鎮‘配套’的錢要花幾十萬元，鄉鎮哪來這么多錢？”
廣西壯族自治區財政廳預算處處長王代玉說，專項越多、配套越高，范圍越窄，中央部委對下面情況不了解，專項轉移支付現在什么都有，有的同一個項目，幾個部門一起給錢，很混亂；有的像邊防哨所建設這樣的燃眉之急項目，卻要不來錢。
一些基層政府部門為爭取專項轉移支付資金，層層向上級匯報，甚至直接進京反映情況，成本很高。一些項目審批和資金分配不夠透明，很容易滋生腐敗。中央黨校經濟學部宏觀經濟室主任梁鵬說，現在清理各地駐京辦很難，因為大量財權都集中在中央部門，各地必須來跑才能爭取資金。
浙江省財政廳總預算局副局長倪學軍說，當前分稅制要完善，就要控制這些“分錢的部門的權力”。李友志提出，應該“加大兩個力度，減少兩個環節”——加大一般性轉移支付力度和地方政府的財政自主權力度；減少部門環節，減少審批環節。
財政監督缺失為科學發展埋下隱患
記者在調查中還發現，各地政府在財政資金使用上，普遍存在財政監督缺失、財政預算不嚴肅的問題，很多是地方領導拍板說了算，根據領導意思調預算。
廣西柳州市委組織部常務副部長張正義當過多年縣區一把手，他深有感觸地說，財政預算缺乏監督，說白了還是“一把手說了算”的現象。整個大的盤子，是在人代會上確定的，但政府權力太大，地方人大很難監督，連人大自己的經費劃撥都要看政府“臉色”，每年預算的一套報告數字，行的又是另外一套。
廣西壯族自治區金融辦主任趙德明認為，“如果沒有嚴格的財政監督，走科學發展道路基本上是空對空的�！�
關于財政監督和財政公開，基層縣市一級黨政領導普遍認為，公開目前只能在大預算、大項目、大筆支出方面讓老百姓明白，他們的稅收用到哪里去了，政府有沒有亂花錢，但是，現階段公開不可能做得很細。
中央黨校經濟學部宏觀經濟室主任梁鵬說，財政民主化是一種必然的選擇。近幾年逐漸放開了，但各級領導從心態上沒做好準備。近些年一些地方嘗試推進財政公開，但財政部門感覺給自己添了很多麻煩，公布的越多，大家的質疑越多，壓力非常大。
湖南省省長助理、財政廳長李友志認為，如果行政或政治體制不改革，財政改革就難以深化。比如，行政審批權太大，部門就不會放權，資金就會“專項化”；還有涉及到官員腐敗、群眾呼聲高的“三公”能不能公開？也必須有系統化的考慮。
記者調查發現，基層在財政公開監督方面也出現了一些有益的探索和創新。浙江省溫嶺市在鄉鎮一級推行“參與式預算”，就是鎮政府初步確定財政預算后，由人大代表來提意見，要通過人大代表參與的“民主懇談會”后才能排出最后方案，人大代表還可以五人以上聯名提出“預算修正議案”，以此糾正政府編制預算的失誤。溫嶺市一位領導說，實施參與式預算，使預算審查由形式上的審查轉變為實質性審查，鄉鎮人大代表的職權由“虛”轉“實”，預算就由“軟”變“硬”。