目前，調整我國政府采購行為的法律是《政府采購法》和《招標投標法》，但兩部法律之間卻存在諸多矛盾與沖突，在某種程度上又影響了政府采購制度改革的順利推進。
(1)適用范圍相沖突：《政府采購法》第四條規定“政府采購工程進行招標投標的，適用招標投標法。”同時，財政部又頒布了《政府采購貨物和服務招標投標管理辦法》。《招標投標法》第二條規定“在中華人民共和國境內進行招標投標活動，適用本法。”政府采購法規定只有工程采購進行招標投標的，才適用招標投標法，各級國家機關、事業單位和團體組織，使用財政性資金采購依法制定的集中采購目錄以內的或者限額標準以上的貨物和服務均適用政府采購法。而招標投標法規定，在中華人民共和國境內進行招標投標活動的都適用招標投標法，也就是說不管是什么性質的單位，不管資金來源何種渠道，也不管是貨物、工程還是服務項目，只要是采用招標投標方式進行采購的，都要由招標投標法規制。
(2)工程概念表述不同：《政府采購法》第二條第六款規定“本法所稱工程，是指建設工程，包括建筑物和構筑物的新建、改建、擴建、裝修、拆除、修繕等。”第二條第七款規定“本法所稱服務，是指除貨物和工程以外的其他政府采購對象。”《招標投標法》第三條規定“在中華人民共和國境內進行下列工程建設項目包括項目的勘察、設計、施工、監理以及與工程建設有關的重要設備、材料等的采購，必須進行招標。”政府采購法對工程的表述不包括工程建設項目的勘察、設計和監理，將其列入服務項目，而招標投標法將其列入工程項目，兩法在工程概念的界定上不一致。
(3)對采購人自行采購的規定不同：《政府采購法》第十八條規定“采購人采購納入集中采購目錄的政府采購項目，必須委托集中采購機構代理采購；……。”《招標投標法》第十二條第二款規定“招標人具有編制招標文件和組織評標能力的，可以自行辦理招標事宜。任何單位和個人不得強制其委托招標代理機構辦理招標事宜。”政府采購法強調必須委托集中采購機構代理采購，招標投標法則要求任何單位和個人不得強制采購人委托代理機構進行采購，兩部法律雖然都是為了規范政府采購行為，但在立法的指導思想上卻不一致。
(4)邀請招標中對投標供應商(投標人)的選擇方式不同：《政府采購法》第三十四條規定“貨物或者服務項目采取邀請招標方式采購的，采購人應當從符合相應資格條件的供應商中，通過隨機方式選擇三家以上的供應商，并向其發出投標邀請書。”《招標投標法》第十七條第一款規定“招標人采用邀請招標方式的，應當向3個以上具備承擔招標項目的能力、資信良好的特定的法人或者其他組織發出投標邀請書。”政府采購法要求通過隨機抽取的方式選擇三家以上的供應商，招標投標法授予了招標人自行決定投標人的權力。
(5)救濟機制的設計不同：《政府采購法》第五十五條規定“質疑供應商對采購人、采購代理機構的答復不滿意或者采購人、采購代理機構未在規定的時間內作出答復的，可在答復期滿后15個工作日內向同級政府采購監督管理部門投訴。”《招標投標法》第六十五條規定，“投標人和其他利害關系人認為招標投標活動不符合本法有關規定的，有權向招標人提出異議或者依法向有關行政監督部門投訴。”政府采購法要求供應商認為自己的權利受到損害的必須先向采購人、采購代理機構提出質疑，采購人對答復不滿意或者在規定的時間內未予答復的，才可向同級政府采購監督管理部門投訴。招標投標法則未規定此前置條件，可以向招標人提出異議，也可以向有關行政監督部門投訴。
(6)對采購的政策目標要求不同：《政府采購法》第九條規定“政府采購應當有助于實現國家的經濟和社會發展政策目標，包括保護環境，扶持不發達地區和少數民族地區，促進中小企業發展等。”招標投標法卻沒有對政策目標作出規定，在政府投資巨大的工程采購中，應該是一項重大缺失。
(7)信息發布媒體確定不統一：政府采購法規定，由財政部門指定發布招標公告及政府采購其他信息的媒體，財政部先后指定了一些媒體。根據招標投標法的有關規定，由國家發展計劃委員會(國家發展改革委)指定發布招標公告的報刊、信息網絡或其他媒介，國家發展改革委先后又指定了另一些媒體。
(8)采購(招標)代理機構的資格要求不一致：《政府采購法》第十六條第一款規定“集中采購機構為采購代理機構。設區的市、自治州以上人民政府根據本級政府采購項目組織集中采購的需要設立集中采購機構。”《招標投標法》第十三條第一款規定“招標代理機構是依法設立，從事招標代理業務并提供相關服務的社會中介組織。”按照招標投標法的規定，政府設立的集中采購機構就不能從事招標投標活動，只有社會中介組織才能開展招標投標業務。《政府采購法》第四條規定“政府采購工程進行招標投標的，適用招標投標法”。根據本條規定，集中采購機構便不能涉足政府工程的招標采購活動，因其不具有招標投標法規定的代理資質，進入工程招標領域屬于“非法”行為。
(9)確定廢標(重新招標)的依據不一致：《政府采購法》第三十六條規定“在招標采購中，出現下列情形之一的，應予廢標：(一)符合專業條件的供應商或者對招標文件作實質性響應的供應商不足三家的；……(三)投標人的報價均超過了采購預算，采購人不能支付的；……。”《招標投標法》第二十八條規定“……。投標人少于3個的，招標人應當依照本法重新招標。”按照招標投標法的規定，不管符合專業條件的供應商或者對招標文件作出實質性響應的供應商只有一家或兩家，只要投標人不少于3個，本次招標就合法，就可以確定中標人。同時，對投標人報價超過預算的也未列為廢標條件。 (作者為山東省省級機關政府采購中心主任)